Biomics

Приведены сведения о размерах и организации митохондриального и ядерного геномов собак, включая информацию о полиморфизмах некоторых локусов, используемых для выяснения филогенетических отношений волков и первых собак, в том числе рассмотрены гипотезы о местах одомашнивания древних ныне вымерших волков и датах этих событий. Отмечено, что внедрение молекулярно-биологических методов в археологию позволило получать качественно новые данные о древних волках и собаках. На основе полиморфизма мтДНК и ядерной ДНК отслежены пути миграции уже одомашненных собак вместе с человеком. Существовавшие ранее точки зрения о происхождении первых собак в Западной Европе, а также в восточной Азии, дополнились в последние годы предположениями о появлении первых прасобак в Сибири.

собака, собачий, Canis familiaris, ядерный геном, митохондриальный геном, прасобака, одомашнивание

1. Гиниятов Ю.Р., Чемерис Д.А., Яхин О.И., Гарафутдинов Р.Р., Чемерис А.В. Прасобаки, собаки и их будущее // Biomics. 2021. Т.13(3). С.288-297. DOI: https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2021-20
2. Кулуев Б.Р., Баймиев Ан.Х., Геращенков Г.А., Юнусбаев У.Б., Гарафутдинов Р.Р., Алексеев Я.И., Баймиев Ал.Х., Чемерис А.В. Сто лет гаплоидным геномам. Сейчас наступает время диплоидных // Биомика.   2020.   Т.12(4).   С.   411-434. DOI: https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2020-33
3. Гарафутдинов Р.Р., Чемерис Д.А., Сахабутдинова А.Р., Алексеев Я.И., Геращенков Г.А., Гиниятов Ю.Р., Аминев Ф.Г., Чемерис А.В. Полиморфизм ДНК собак (Canis familiaris L.). III. VNTR- и STR-локусы. Их применение в собаководстве и криминалистике // Biomics. 2021. Т.13(3). С.321-346. DOI: https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2021-23   
4. Сахабутдинова А.Р., Чемерис Д.А., Гарафутдинов Р.Р., Алексеев Я.И., Гиниятов Ю.Р., Аминев Ф.Г., Чемерис А.В. Полиморфизм ДНК собак (Canis familiaris) и его применение. IV. Митохондриальная ДНК // Biomics. 2021. Т.13(3). С.347-359. DOI: https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2021-24
5. Ardalan A., Kluetsch C.F., Zhang A.B., Erdogan M., Uhlén M., Houshmand M., Tepeli C., Ashtiani S.R., Savolainen P. Comprehensive study of mtDNA among Southwest Asian dogs contradicts independent domestication of wolf, but implies dog-wolf hybridization // Ecol. Evol. 2011. V. 1(3). P. 373-385. doi: https://doi.org/10.1002/ece3.35
6. Bergström A. et al. Origins and genetic legacy of prehistoric dogs // Science. 2020. V. 370. P. 557-564. doi: https://doi.org/10.1126/science.aba9572
7. Brown S.K., Pedersen N.C., Jafarishorijeh S., Bannasch D.L., Ahrens K.D., Wu J.T., Okon M., Sacks B.N. Phylogenetic distinctiveness of Middle Eastern and Southeast Asian village dog Y chromosomes illuminates dog origins // PLoS One. 2011. V. 6(12). e28496. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0028496
8. da Silva Coelho F.A., Gill S., Tomlin C.M., Heaton T.H., Lindqvist C. An early dog from southeast Alaska supports a coastal route for the first dog migration into the Americas // Proc. Biol. Sci. 2021. V. 288. 20203103. doi: https://doi.org/10.1098/rspb.2020.3103
9. Ding Z.L., Oskarsson M., Ardalan A., Angleby H., Dahlgren L.G., Tepeli C., Kirkness E., Savolainen P., Zhang Y.P. Origins of domestic dog in southern East Asia is supported by analysis of Y-chromosome DNA // Heredity (Edinb). 2012. V. 108(5). P. 507-514. doi: https://doi.org/10.1038/hdy.2011.114
10. Druzhkova A.S., Thalmann O., Trifonov V.A., Leonard J.A., Vorobieva N.V., Ovodov N.D., Graphodatsky A.S., Wayne R.K. Ancient DNA analysis affirms the canid from Altai as a primitive dog // PLoS One.   2013.    V.    8(3).    e57754.    doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0057754
11. Feuerborn T.R. et al. Modern Siberian dog ancestry was shaped by several thousand years of Eurasian-wide trade and human dispersal // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2021. V. 118(39). e2100338118. doi: https://doi.org/10.1073/pnas.2100338118
12. Field M.A. et al. Canfam_GSD: De novo chromosome-length genome assembly of the German Shepherd Dog (Canis
13. Frantz L.A. et al. Genomic and archaeological evidence suggest a dual origin of domestic dogs // Science.  2016.  V.  352.  P.  1228-1231.  doi: https://doi.org/10.1126/science.aaf3161
14. Hoeppner M.P. et al. An improved canine genome and a comprehensive catalogue of coding genes and non-coding transcripts // PLoS One. 2014. V. 9(3). e91172. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0091172
15. Jagannathan V. et al. Dog10K_Boxer_Tasha_1.0: A Long-Read Assembly of the Dog Reference Genome // Genes (Basel). 2021. V. 12(6):847. doi: https://doi.org/10.3390/genes12060847
16. Kennedy L.J., Barnes A., Short A., Brown J.J., Lester S., Seddon J., Fleeman L., Francino O., Brkljacic M., Knyazev S., Happ G.M., Ollier W.E. Canine DLA diversity: 1. New alleles and haplotypes // Tissue Antigens. 2007. V. 69. Suppl. 1. P. 272-288. doi: https://doi.org/10.1111/j.1399-0039.2006.00779.x  Erratum in: Tissue Antigens. 2008. V. 72(1). P. 88.
17. Kennedy L.J., Brown J.J., Barnes A., Ollier W.E., Knyazev S. Major histocompatibility complex typing of dogs from Russia shows further dog leukocyte antigen diversity // Tissue Antigens. 2008. V. 71(2). P. 151-156. doi: https://doi.org/10.1111/j.1399-0039.2007.00965.x
18. Leathlobhair M. et al. The evolutionary history of dogs in the Americas // Science. 2018. V. 361. P. 81-85. doi: https://doi.org/10.1126/science.aao4776
19. Lee E.J., Merriwether D.A., Kasparov A.K., Nikolskiy P.A., Sotnikova M.V., Pavlova E.Y., Pitulko V.V. Ancient DNA analysis of the oldest canid species from the Siberian Arctic and genetic contribution to the domestic dog // PLoS One. 2015. V. 10(5). e0125759. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0125759.  
20. eonard J.A., Wayne R.K., Wheeler J., Valadez R., Guillén S., Vilà C. Ancient DNA evidence for Old World origin of New World dogs // Science. 2002. V. 298. P. 1613-1616. doi: https://doi.org/10.1126/science.1076980.
21. Lindblad-Toh K. et al. Genome sequence, comparative analysis and haplotype structure of the domestic dog // Nature. 2005. V. 438. P. 803-819. doi: https://doi.org/10.1038/nature04338.
22. Loog L. et al. Ancient DNA suggests modern wolves trace their origin to a Late Pleistocene expansion from Beringia // Mol. Ecol. 2020. V. 29(9). P. 1596-1610. doi: https://doi.org/10.1111/mec.15329. 
23. Niskanen A.K., Hagström E., Lohi H., Ruokonen M., Esparza-Salas R., Aspi J., Savolainen P. MHC variability supports dog domestication from a large number of wolves: high diversity in Asia // Heredity (Edinb). 2013. V. 110(1). P. 80-85. doi: https://doi.org/10.1038/hdy.2012.67. 
24. Ollivier M. et al. Dogs accompanied humans during the Neolithic expansion into Europe // Biol. Lett. 2018. V. 14(10). 20180286. doi: https://doi.org/10.1098/rsbl.2018.0286.
25. Oskarsson M.C., Klütsch C.F., Boonyaprakob U., Wilton A., Tanabe Y., Savolainen P. Mitochondrial DNA data indicate an introduction through Mainland Southeast Asia for Australian dingoes and Polynesian domestic dogs // Proc. Biol. Sci. 2012. V. 279. P. 967-974. doi: https://doi.org/10.1098/rspb.2011.1395. 
26. Ostrander E.A., Wang G.D., Larson G., von Holdt B.M., Davis B.W., Jagannathan V., Hitte C., Wayne R.K., Zhang Y.P. Dog10K Consortium. Dog10K: an international sequencing effort to advance studies of canine domestication, phenotypes and health // Natl. Sci. Rev. 2019. V. 6(4). P. 810-824. doi: https://doi.org/10.1093/nsr/nwz049. 
27. Ovodov N.D., Crockford S.J., Kuzmin Y.V., Higham T.F., Hodgins G.W., van der Plicht J. A 33,000- year-old incipient dog from the Altai Mountains of Siberia: evidence of the earliest domestication disrupted by the Last Glacial Maximum // PLoS One. 2011. V. 6(7). e22821. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0022821.
28. Pang J.F. et al. mtDNA data indicate a single origin for dogs south of Yangtze River, less than 16,300 years ago, from numerous wolves // Mol. Biol. Evol. 2009. V. 26(12). P. 2849-2864. doi: https://doi.org/10.1093/molbev/msp195. 
29.  Perri A.R., Feuerborn T.R., Frantz L.A.F., Larson G., Malhi R.S., Meltzer D.J., Witt K.E. Dog domestication and the dual dispersal of people and dogs into the Americas // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2021. V. 118(6). e2010083118. doi: https://doi.org/10.1073/pnas.2010083118.
30. Pilot M. et al. Global Phylogeographic and Admixture Patterns in Grey Wolves and Genetic Legacy of An Ancient Siberian Lineage // Sci. Rep. 2019. V. 9(1). 17328. doi: https://doi.org/10.1038/s41598-019-53492-9. 
31. Ramos-Madrigal J. et al. Genomes of Pleistocene Siberian Wolves Uncover Multiple Extinct Wolf Lineages // Curr. Biol. 2021. V. 31(1). P. 198-206. e8. doi: https://doi.org/10.1016/j.cub.2020.10.002.
32. Ryabinina O.M. Mitochondrial DNA variation in Asian shepherd dogs // Russian Journal of Genetics. 2006. V.42(7). P.748-751. doi: https://doi.org/10.1134/S1022795406070088
33. Sablin M., Khlopachev G. The Earliest Ice Age Dogs: Evidence from Eliseevichi I // Current Anthropology. 2002. V.43(5). P.795-799. DOI: https://doi.org/10.1086/344372
34. Sacks B.N., Brown S.K., Stephens D., Pedersen N.C., Wu J.T., Berry O. Y chromosome analysis of dingoes and southeast asian village dogs suggests a neolithic continental expansion from Southeast Asia followed by multiple Austronesian dispersals // Mol. Biol. Evol.  2013. V. 30(5). P. 1103-1118. doi: https://doi.org/10.1093/molbev/mst027.
35. Savolainen P., Leitner T., Wilton A.N., Matisoo- Smith E., Lundeberg J. A detailed picture of the origin of the Australian dingo, obtained from the study of mitochondrial DNA // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004. V. 101(33). P. 12387-12390. doi: https://doi.org/10.1073/pnas.0401814101.
36. Savolainen P., Zhang Y.P., Luo J., Lundeberg J., Leitner T. Genetic evidence for an East Asian origin of domestic dogs // Science. 2002. V. 298. P. 1610-1613. doi: https://doi.org/10.1126/science.1073906. 
37. Sinding M.S. et al. Arctic-adapted dogs emerged at the Pleistocene-Holocene transition // Science. 2020. V. 368. P. 1495-1499. doi: https://doi.org/10.1126/science.aaz8599. 
38. Skoglund P., Ersmark E., Palkopoulou E., Dalén L. Ancient wolf genome reveals an early divergence of domestic dog ancestors and admixture into high-latitude breeds // Curr. Biol. 2015. V. 25. P. 1515-1519. doi: https://doi.org/10.1016/j.cub.2015.04.019. 
39. Thalmann O. et al. Complete mitochondrial genomes of ancient canids suggest a European origin of domestic dogs // Science. 2013. V. 342. P. 871-874. doi: https://doi.org/10.1126/science.1243650.
40. Wang C. et al. A novel canine reference genome resolves genomic architecture and uncovers transcript complexity // Commun. Biol. 2021. V. 4(1). P. 185. doi: https://doi.org/10.1038/s42003-021-01698-x.
41. Wang G.D. et al. Out of southern East Asia: the natural history of domestic dogs across the world // Cell Res. 2016. V. 26(1). P. 21-33. doi: https://doi.org/10.1038/cr.2015.147.