МикроРНК растений: Методы изучения и роль в развитии симбиозов с полезными микроорганизмами

06.08.2021
Авторы:
Зорин Е.А. , Кулаева О.А. , Жуков В.А.
Название:
МикроРНК растений: Методы изучения и роль в развитии симбиозов с полезными микроорганизмами
Страницы:
166-175
скачано
6 раз(а)


МикроРНК (microRNAs, miRNAs) – это малые некодирующие молекулы РНК, выступающие в качестве пост-транскрипционных регуляторов экспрессии генов за счёт довольно строгой комплементарности к их мРНК и имеющие длину 20-24 нуклеотида. микроРНК растений контролируют широкий спектр физиологических процессов, в том числе питание, рост, защитные реакции и взаимодействие с другими организмами посредством модуляции экспрессии транскрипционных факторов, стресс-индуцируемых белков, ферментов биосинтеза гормонов и других генов. Бобовые растения способны к образованию мутуалистических симбиозов с азотфиксирующими клубеньковыми бактериями и грибами арбускулярной микоризы. Как ранние, так и поздние этапы этих симбиозов контролируются сложными генетическими механизмами, и одним из таких механизмов является регуляция экспрессии генов посредством микроРНК. Для изучения микроРНК используют различные методы, однако за последние десять лет наиболее популярным инструментом в этой области стали технологии секвенирования следующего поколения. С их помощью возможно идентифицировать консервативные и новые микроРНК в геномах различных организмов (как модельных, так и немодельных), а также исследовать функционирование микроРНК в различных экспериментальных условиях с дополнительным применением данных транскриптомного и деградомного секвенирования. В статье описаны основные этапы работы с данными секвенирования микроРНК: контроль качества прочтений (с перечнем программ, применяющихся на данном этапе), выявление консервативных и новых микроРНК с помощью программы miRDeep2, поиск мишеней выявленных микроРНК с помощью PAREsnip2, функциональная аннотация мишеней и применение статистических тестов для анализа функционального обогащения, что облегчает интерпретацию полученных данных и позволяет сделать предположения о биологических последствиях активности выявленных микроРНК у исследуемого объекта. Эти сведения могут быть полезны исследователям, которые впервые работают с микроРНК in silico или хотят сэкономить время и ресурсы на поиск и анализ информации об инструментах, необходимых для работы с данными секвенирования микроРНК.
Заказ
Оформите заказ, наш сотрудник свяжется с вами для уточнения деталей.
Ваша заявка успешно отправлена!
Необходимо принять условия соглашения
Вы заполнили не все обязательные поля
Произошла ошибка, попробуйте ещё раз

Обратный звонок
Представьтесь, мы вам перезвоним.
Ваша заявка успешно отправлена!
Необходимо принять условия соглашения
Вы заполнили не все обязательные поля
Произошла ошибка, попробуйте ещё раз