Загадки нового коронавируса SARS-CoV-2
24.04.2021
Авторы:
Название:
Загадки нового коронавируса SARS-CoV-2
Страницы:
75-99
Появление нового коронавируса SARS-CoV-2 породило множество загадок, на которые на все пока нет ответов. Однако степень угрозы человечеству, обусловленная тем, что к началу февраля 2021 г. в мире переболело более 100 миллионов человек, из которых 2 миллиона умерло, привела к тому, что усилия очень многих исследователей оказались направлены на борьбу с этой болезнью, включая массовое секвенирование полных геномов SARS-CoV-2, поскольку это необходимо для диагностики и прогнозирования эпидемиологической ситуации, в том числе в долгосрочной перспективе. В настоящее время показан довольно высокий уровень консервативности генома SARS-CoV-2, но имеется и значительная вариабельность внутрихозяйской вирусной РНК, подтверждающая концепцию существования квазивидов для РНК-содержащих вирусов. По состоянию на февраль 2021 г. в мире секвенированы полные геномы почти полумиллиона изолятов нового коронавируса, для упорядочения анализа которых предложен ряд номенклатур, включающий удобную динамическую номенклатуру Pango lineage. Продемонстрированы вариации геномов SARS-CoV-2 в виде консенсусных SNP (Single Nucleotide Polymorphism) и внутрихозяйских iSNV (intra-host Single Nucleotide Variant). С учетом iSNV и минорных мутаций, из 29,9 тысяч нуклеотидов вирусного генома к настоящему времени хотя бы однажды были изменены около 85% его нуклеотидов, но лишь очень немногие из них, благодаря определенным особенностям, обеспечивающим преимущественное распространение таких штаммов, превратились в мажорные мутации. На примере гена S-белка с учетом iSNV, минорных и мажорных мутаций показана его значительная вариабельность, обнаруживаемая при секвенировании сотен тысяч геномов SARS-CoV-2. На основе анализа 400 полных геномов SARS-CoV-2, выделенных на территории Российской Федерации в течение 2020 г., оценена динамика циркуляции отдельных штаммов с приобретенными мажорными мутациями, представленность которых несколько отличается от происходящих изменений генома SARS-CoV-2 в остальном мире. Отмечена возможность длительной персистенции нового коронавируса в организме человека, при этом резервуары для вероятного латентного существования SARS-CoV-2, в отличие, например, от вируса герпеса, остаются неизвестными. Нет единого мнения и о возможности реактивации SARS-CoV-2 или реинфекции. Последнее теоретически возможно в тех случаях, когда в организме «повторно инфицированных» обнаруживаются штаммы SARS-CoV-2, относящиеся к другим генетическим линиям и кладам. Это, однако, не исключает возможность мутирования вируса внутри одного хозяина. Несмотря на значительный прогресс в мониторинге распространения SARS-CoV-2, еще остается немало вопросов, но по мере накопления знаний о биологии нового коронавируса на них также непременно будут даны ответы.
- Гарафутдинов Р.Р., Мавзютов А.Р., Алексеев Я.И., Воробьев А.А., Никоноров Ю.М., Чубукова О.В., Матниязов Р.Т., Баймиев Ан.Х., Максимов И.В., Кулуев Б.Р., Баймиев Ал.Х., Чемерис А.В. Бетакоронавирусы человека и их высокочувствительная детекция с помощью ПЦР и прочих методов амплификации // Biomics. 2020. Т.12(1). С. 121-179. DOI: 10.31301/2221-6197.bmcs.2020-7 2. Гарафутдинов Р.Р., Мавзютов А.Р., Никоноров Ю.М., Чубукова О.В., Матниязов Р.Т., Баймиев Ан.Х., Максимов И.В., Мифтахов И.Ю., Халикова Е.Ю., Кулуев Б.Р., Баймиев Ал.Х., Чемерис А.В. Бетакоронавирус SARS-CoV-2, его геном, разнообразие генотипов и молекулярно-биологические меры борьбы с ним // Biomics. 2020. Т.12(2). С. 242-271. DOI: 10.31301/2221-6197.bmcs.2020-15 3. Мавзютов А.Р., Гарафутдинов Р.Р., Халикова Е.Ю., Юлдашев Р.А., Хусаинова Р.И., Чубукова О.В., Гималов Ф.Р., Матниязов Р.Т., Алексеев Я.И., Воробьев А.А., Вершинина З.Р., Мифтахов И.Ю., Никоноров Ю.М., Максимов И.В., Кулуев Б.Р., Баймиев Ан.Х., Баймиев Ал.Х., Чемерис А.В. Проблемные аспекты диагностики коронавирусной инфекции SARS-CoV-2 с помощью обратно-транскрипционной ПЦР // Biomics. 2020. Т.12(4). С. 564-590. DOI: 10.31301/2221-6197.bmcs.2020-50 4. Alvarez-Moreno CA, Rodríguez-Morales AJ. Testing Dilemmas: Post negative, positive SARS-CoV-2 RT-PCR - is it a reinfection? // Travel Med Infect Dis. 2020. V.35. P.101743. doi:10.1016/j.tmaid.2020.101743 5. Armero A., Berthet N., Avarre J.C. Intra-Host Diversity of SARS-Cov-2 Should Not Be Neglected: Case of the State of Victoria, Australia // Viruses. 2021. V. 13(1). P. 133. doi:10.3390/v13010133 6. Baric R.S. Emergence of a Highly Fit SARS-CoV-2 Variant // N Engl J Med. 2020. V. 383(27). P. 2684-2686. doi:10.1056/NEJMcibr2032888 7. Bendall M.L., Gibson K.M., Steiner M.C., Rentia U., Pérez-Losada M., Crandall K.A. HAPHPIPE: Haplotype Reconstruction and Phylodynamics for Deep Sequencing of Intra-Host Viral Populations // Mol. Biol. Evol. 2020. msaa315. doi:10.1093/molbev/msaa315 8. Biswas S.K., Mudi S.R. Spike protein D614G and RdRp P323L: the SARS-CoV-2 mutations associated with severity of COVID-19 // Genomics Inform. 2020. V. 18(4). e44. doi:10.5808/GI.2020.18.4.e44 9. Cantin E.M., Lange W., Openshaw H. Application of polymerase chain reaction assays to studies of herpes simplex virus latency // Intervirology. 1991. V. 32(2). P. 93-100. doi:10.1159/000150189 10. Cella E, Benedetti F, Fabris S, Borsetti A, Pezzuto A, Ciotti M, Pascarella S, Ceccarelli G, Zella D, Ciccozzi M, Giovanetti M. SARS-CoV-2 Lineages and Sub-Lineages Circulating Worldwide: A Dynamic Overview. // Chemotherapy. 2021. V.18. P.1-5. doi:10.1159/000515340 11. Chen T., Hudnall S.D. Anatomical mapping of human herpesvirus reservoirs of infection // Mod. Pathol. 2006. 19(5). P. 726-37. doi:10.1038/modpathol.3800584 12. Chen Z, Boon SS, Wang MH, Chan RWY, Chan PKS. Genomic and evolutionary comparison between SARS-CoV-2 and other human coronaviruses // J Virol Methods. 2021. V.289. P.114032. doi:10.1016/j.jviromet.2020.114032 13. Cheng X, Virk N, Chen W, Ji S, Ji S, Sun Y, Wu X. CpG usage in RNA viruses: data and hypotheses // PLoS One. 2013. V.8(9). e74109. doi:10.1371/journal.pone.0074109 14. Colson P., Finaud M., Levy N., Lagier J.C., Raoult D. Evidence of SARS-CoV-2 re-infection with a different genotype // J. Infect. 2021. V. 82(4). P. 84-123. doi:10.1016/j.jinf.2020.11.011 15. Dao T.L., Hoang V.T., Gautret P. Recurrence of SARS-CoV-2 viral RNA in recovered COVID-19 patients: a narrative review // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2021. V. 40(1). P. 13-25. doi:10.1007/s10096-020-04088-z 16. Davies N.G., Jarvis C.I.; CMMID COVID-19 Working Group, Edmunds WJ, Jewell NP, Diaz-Ordaz K., Keogh R.H. Increased mortality in community-tested cases of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 // Nature. 2021. doi:10.1038/s41586-021-03426-1 17. Digard P, Lee HM, Sharp C, Grey F, Gaunt E. Intra-genome variability in the dinucleotide composition of SARS-CoV-2 // Virus Evol. 2020. V.6(2). P.veaa057. doi:10.1093/ve/veaa057 18. Du P., Song C., Li R., Song Y., Li J., Ding N., Zhang J., Song R., Han J., Gao G., Yue J., Duan A., Huang Y., An J., Wang J., Zhang F., Chen C., Zeng H. Specific re-distribution of SARS-CoV-2 variants in the respiratory system and intestinal tract // Clin. Infect. Dis. 2020. ciaa1617. doi:10.1093/cid/ciaa1617 19. Erol A. Are the emerging SARS-COV-2 mutations friend or foe? // Immunol. Lett. 2021. V. 230. P. 63-64. doi:10.1016/j.imlet.2020.12.014 20. Eskier D., Suner A., Oktay Y., Karakülah G. Mutations of SARS-CoV-2 nsp14 exhibit strong association with increased genome-wide mutation load // Peer J. 2020. V.8. e10181. doi:10.7717/peerj.10181 21. Fiorentini S, Messali S, Zani A, Caccuri F, Giovanetti M, Ciccozzi M, Caruso A. First detection of SARS-CoV-2 spike protein N501 mutation in Italy in August, 2020 // Lancet Infect Dis. 2021. S1473-3099(21)00007-4. doi:10.1016/S1473-3099(21)00007-4 22. Forster P., Forster L., Renfrew C., Forster M. Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2020. V.117(17). P. 9241-9243. doi:10.1073/pnas.2004999117 23. Freed N.E., Vlková M., Faisal M.B., Silander O.K. Rapid and inexpensive whole-genome sequencing of SARS-CoV-2 using 1200 bp tiled amplicons and Oxford Nanopore Rapid Barcoding // Biol. Methods Protoc. 2020. V. 5(1):bpaa014. doi:10.1093/biomethods/bpaa014 24. Gibson K.M., Steiner M.C., Rentia U., Bendall M.L., Pérez-Losada M., Crandall K.A. Validation of Variant Assembly Using HAPHPIPE with Next-Generation Sequence Data from Viruses // Viruses. 2020. V. 12(7). P. 758. doi:10.3390/v12070758 25. Gohl D.M., Garbe J., Grady P., Daniel J., Watson R.H.B., Auch B., Nelson A., Yohe S., Beckman K.B. A rapid, cost-effective tailed amplicon method for sequencing SARS-CoV-2 // BMC Genomics. 2020. V. 21(1). P. 863. doi:10.1186/s12864-020-07283-6 26. Grubaugh N.D., Gangavarapu K., Quick J., Matteson N.L., De Jesus J.G., Main B.J., Tan A.L., Paul L.M., Brackney D.E., Grewal S., Gurfield N., Van Rompay K.K.A., Isern S., Michael S.F., Coffey L.L., Loman N.J., Andersen K.G. An amplicon-based sequencing framework for accurately measuring intrahost virus diversity using PrimalSeq and iVar // Genome Biol. 2019. V. 20(1). P. 8. doi:10.1186/s13059-018-1618-7 27. Itokawa K., Sekizuka T., Hashino M., Tanaka R., Kuroda M. Disentangling primer interactions improves SARS-CoV-2 genome sequencing by multiplex tiling PCR // PLoS One. 2020. V. 15(9). e0239403. doi:10.1371/journal.pone.0239403 28. Itokawa K., Sekizuka T., Hashino M., Tanaka R., Kuroda M. Disentangling primer interactions improves SARS-Cov-2 genome sequencingby the ARTIC Networks multiplex PCR // bioRxiv. 2020.03.10.985150. doi.org/10/1101/2020.03.10.985150 29. Jackson C.B., Zhang L., Farzan M., Choe H. Functional importance of the D614G mutation in the SARS-CoV-2 spike protein // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2021. V. 538. P. 108-115. doi:10.1016/j.bbrc.2020.11.026 30. Jaworski E., Langsjoen R.M., Judy B., Newman P., Plante J.A., Plante K.S., Miller A.L., Zhou Y., Swetnam D., Dong J., Ren P., Pyles R.B., Ksiazek T., Menachery V.D., Weaver S.C., Routh A. Tiled-ClickSeq for targeted sequencing of complete coronavirus genomes with simultaneous capture of RNA recombination and minority variants // bioRxiv. 2021. 2021.03.10.434828. doi:10.1101/2021.03.10.434828 31. Kannan S.R., Spratt A.N., Quinn T.P., Heng X., Lorson C.L., Sönnerborg A., Byrareddy S.N., Singh K. Infectivity of SARS-CoV-2: there Is Something More than D614G? // J. Neuroimmune Pharmacol. 2020. V. 15(4). P. 574-577. doi:10.1007/s11481-020-09954-3 32. Kim D., Lee J.Y., Yang J.S., Kim J.W., Kim V.N., Chang H. The Architecture of SARS-CoV-2 Transcriptome // Cell. 2020. V, 181(4). P. 914-921.e10. doi:10.1016/j.cell.2020.04.011 33. Komissarov AB, Safina KR, Garushyants SK, Fadeev AV, Sergeeva MV, Ivanova AA, Danilenko DM, Lioznov D, Shneider OV, Shvyrev N, Spirin V, Glyzin D, Shchur V, Bazykin GA. Genomic epidemiology of the early stages of the SARS-CoV-2 outbreak in Russia // Nat Commun. 2021. V.12(1). P.649. doi:10.1038/s41467-020-20880-z 34. Kozlovskaya L, Piniaeva A, Ignatyev G, Selivanov A, Shishova A, Kovpak A, Gordeychuk I, Ivin Y, Berestovskaya A, Prokhortchouk E, Protsenko D, Rychev M, Ishmukhametov A. Isolation and phylogenetic analysis of SARS-CoV-2 variants collected in Russia during the COVID-19 outbreak // Int J Infect Dis. 2020. V.99. P.40-46. doi:10.1016/j.ijid.2020.07.024 35. Lauring A.S., Andino R. Quasispecies theory and the behavior of RNA viruses // PLoS Pathog. 2010. V. 6(7). e1001005. doi:10.1371/journal.ppat.1001005 36. Leung K., Shum M.H., Leung G.M., Lam T.T., Wu J.T. Early transmissibility assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020 // Euro Surveill. 2021. V. 26(1). 2002106. doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.26.1.2002106. 37. Li Q., Zheng X.S., Shen X.R., Si H.R., Wang X., Wang Q., Li B., Zhang W., Zhu Y., Jiang R.D., Zhao K., Wang H., Shi Z.L., Zhang H.L., Du R.H., Zhou P. Prolonged shedding of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 in patients with COVID-19 // Emerg. Microbes Infect. 2020. V. 9(1). P. 2571-2577. doi:10.1080/22221751.2020.1852058 38. Maggi F., Novazzi F., Genoni A., Baj A., Spezia P.G., Focosi D., Zago C., Colombo A., Cassani G., Pasciuta R., Tamborini A., Rossi A., Prestia M., Capuano R., Azzi L., Donadini A., Catanoso G., Grossi P.A., Maffioli L., Bonelli G. Imported SARS-CoV-2 Variant P.1 in Traveler Returning from Brazil to Italy // Emerg. Infect. Dis. 2021. V. 27(4). P. 1249-1251. doi:10.3201/eid2704.210183 39. Mahase E. Covid-19: What new variants are emerging and how are they being investigated? // BMJ. 2021. V. 18. 372:n158. doi:10.1136/bmj.n158 40. Maurano M.T., Ramaswami S., Zappile P., Dimartino D., Boytard L., Ribeiro-Dos-Santos A.M., Vulpescu N.A., Westby G., Shen G., Feng X., Hogan M.S., Ragonnet-Cronin M., Geidelberg L., Marier C., Meyn P., Zhang Y., Cadley J., Ordoñez R., Luther R., Huang E., Guzman E., Arguelles-Grande C., Argyropoulos K.V., Black M., Serrano A., Call M.E., Kim M.J., Belovarac B., Gindin T., Lytle A., Pinnell J., Vougiouklakis T., Chen J., Lin L.H., Rapkiewicz A., Raabe V., Samanovic M.I., Jour G., Osman I., Aguero-Rosenfeld M., Mulligan M.J., Volz E.M., Cotzia P., Snuderl M., Heguy A. Sequencing identifies multiple early introductions of SARS-CoV-2 to the New York City region // Genome Res. 2020. V. 30(12). P. 1781-1788. doi:10.1101/gr.266676.120 41. Mostafa H.H., Fissel J.A., Fanelli B., Bergman Y., Gniazdowski V., Dadlani M., Carroll K.C., Colwell R.R., Simner P.J. Metagenomic Next-Generation Sequencing of Nasopharyngeal Specimens Collected from Confirmed and Suspect COVID-19 Patients // mBio. 2020. V. 11(6). e01969-20. doi:10.1128/mBio.01969-20 42. Motayo B.O., Oluwasemowo O.O., Olusola B.A., Akinduti P.A., Arege O.T., Obafemi Y.D., Faneye A.O., Isibor P.O., Aworunse O.S., Oranusi S.U. Evolution and genetic diversity of SARS-CoV-2 in Africa using whole genome sequences // Int J Infect Dis. 2021. V. 103. P. 282 -287. doi:10.1016/j.ijid.2020.11.190 43. Moyo-Gwete T., Madzivhandila M., Makhado Z., Ayres F., Mhlanga D., Oosthuysen B., Lambson B.E., Kgagudi P., Tegally H., Iranzadeh A., Doolabh D., Tyers L., Chinhoyi L.R., Mennen M., Skelm S., Wibmer C.K., Bhiman J.N., Ueckermann V., Rossouw T., Boswell M., de Oliveira T., Williamson C., Burgers W.A., Ntusi N., Morris L., Moore P.L. SARS-CoV-2 501Y.V2 (B.1.351) elicits cross-reactive neutralizing antibodies // bioRxiv. 2021 Mar 6:2021.03.06.434193. doi:10.1101/2021.03.06.434193 44. Paden C.R., Tao Y., Queen K., Zhang J., Li Y., Uehara A., Tong S. Rapid, Sensitive, Full-Genome Sequencing of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 // Emerg. Infect. Dis. 2020. V. 26(10). P. 2401-2405. doi:10.3201/eid2610.201800 45. Pillay S., Giandhari J., Tegally H., Wilkinson E., Chimukangara B., Lessells R., Moosa Y., Mattison S., Gazy I., Fish M., Singh L., Khanyile K.S., San J.E., Fonseca V., Giovanetti M., Alcantara L.C.Jr., de Oliveira T. Whole Genome Sequencing of SARS-CoV-2: Adapting Illumina Protocols for Quick and Accurate Outbreak Investigation during a Pandemic // Genes (Basel). 2020. V. 11(8). P. 949. doi:10.3390/genes11080949 46. Platto S., Wang Y., Zhou J., Carafoli E. History of the COVID-19 pandemic: Origin, explosion, worldwide spreading // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2021. V. 538. P. 14-23. doi:10.1016/j.bbrc.2020.10.087 47. Rambaut A, Holmes EC, O'Toole Á, Hill V, McCrone JT, Ruis C, du Plessis L, Pybus OG. A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology // Nat Microbiol. 2020. V.5(11). P.1403-1407. doi:10.1038/s41564-020-0770-5 48. Rambaut A, Holmes EC, O'Toole Á, Hill V, McCrone JT, Ruis C, du Plessis L, Pybus OG. Addendum: A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology // Nat Microbiol. 2021. V.6(3).P.415. doi:10.1038/s41564-021-00872-5 49. Rato S., Golumbeanu M., Telenti A., Ciuffi A. Exploring viral infection using single-cell sequencing // Virus Res. 2017. V. 239. P. 55-68. doi:10.1016/j.virusres.2016.10.016 50. Riggioni C, Comberiati P, Giovannini M, Agache I, Akdis M, Alves-Correia M, Antó JM, Arcolaci A, Azkur AK, Azkur D, Beken B, Boccabella C, Bousquet J, Breiteneder H, Carvalho D, De Las Vecillas L, Diamant Z, Eguiluz-Gracia I, Eiwegger T, Eyerich S, Fokkens W, Gao YD, Hannachi F, Johnston SL, Jutel M, Karavelia A, Klimek L, Moya B, Nadeau KC, O'Hehir R, O'Mahony L, Pfaar O, Sanak M, Schwarze J, Sokolowska M, Torres MJ, van de Veen W, van Zelm MC, Wang Y, Zhang L, Jiménez-Saiz R, Akdis CA. A compendium answering 150 questions on COVID-19 and SARS-CoV-2 // Allergy. 2020. V.75(10). P.2503-2541. doi:10.1111/all.14449 51. Salehi-Vaziri M., Jalali T., Farahmand B., Fotouhi F., Banifazl M., Pouriayevali M.H., Sadat Larijani M., Afzali N., Ramezani A. Clinical characteristics of SARS-CoV-2 by re-infection vs. reactivation: a case series from Iran // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2021. V. 18. P. 1–7. doi:10.1007/s10096-021-04221-6 52. Sapoval N., Mahmoud M., Jochum M.D., Liu Y., Elworth R.A.L., Wang Q., Albin D., Ogilvie H.A., Lee M.D., Villapol S., Hernandez K.M., Maljkovic Berry I., Foox J., Beheshti A., Ternus K., Aagaard K.M., Posada D., Mason C.E., Sedlazeck F.J., Treangen T.J. SARS-CoV-2 genomic diversity and the implications for qRT-PCR diagnostics and transmission // Genome Res. 2021. V. 31(4):635-644. doi:10.1101/gr.268961.120 53. Selhorst P., Van Ierssel S., Michiels J., Mariën J., Bartholomeeusen K., Dirinck E., Vandamme S., Jansens H., Ariën K.K. Symptomatic SARS-CoV-2 reinfection of a health care worker in a Belgian nosocomial outbreak despite primary neutralizing antibody response // Clin. Infect. Dis. 2020. ciaa1850. doi:10.1093/cid/ciaa1850 54. Sender R, Bar-On YM, Flamholz A, Gleizer S, Bernsthein B, Phillips R, Milo R. The total number and mass of SARS-CoV-2 virions in an infected person // medRxiv. 2020. Nov 17;2020.11.16.20232009. doi:10.1101/2020.11.16.20232009 55. Singh J., Samal J., Kumar V., Sharma J., Agrawal U., Ehtesham N.Z., Sundar D., Rahman S.A., Hira S., Hasnain S.E. Structure-Function Analyses of New SARS-CoV-2 Variants B.1.1.7, B.1.351 and B.1.1.28.1: Clinical, Diagnostic, Therapeutic and Public Health Implications // Viruses. 2021. V. 13(3). 439. doi:10.3390/v13030439 56. Subramanian S. The Long-Term Evolutionary History of Gradual Reduction of CpG Dinucleotides in the SARS-CoV-2 Lineage // Biology (Basel). 2021. V.10(1). P.52. doi:10.3390/biology10010052 57. Taiaroa G., DanielRawlinson, Featherstone L, Miranda Pitt M., Caly L., Druce J., Purcell D., Harty L., Tran T., Roberts J., Scott N., Catton M., Williamson D., Coin L., Duchene S. Direct RNA sequencing and early evolution of SARS-CoV-2 // bioRxiv. 2020. 03.05.976167. doi.org/10.1101/2020.03.05.976167 58. Tang J.W., Toovey O.T.R., Harvey K.N., Hui D.D.S. Introduction of the South African SARS-CoV-2 variant 501Y.V2 into the UK // J Infect. 2021. V. 82(4). P. e8–e10. doi:10.1016/j.jinf.2021.01.007 59. Tillett R.L., Sevinsky J.R., Hartley P.D., Kerwin H., Crawford N., Gorzalski A., Laverdure C., Verma S.C., Rossetto C.C., Jackson D., Farrell M.J., Van Hooser S., Pandori M. Genomic evidence for reinfection with SARS-CoV-2: a case study // Lancet Infect. Dis. 2021. V. 21(1). P. 52-58. doi:10.1016/S1473-3099(20)30764-7 60. To K.K., Hung I.F., Ip J.D., Chu A.W., Chan W.M., Tam A.R., Fong C.H., Yuan S., Tsoi H.W., Ng A.C., Lee L.L., Wan P., Tso E., To W.K., Tsang D., Chan K.H., Huang J.D., Kok K.H., Cheng V.C., Yuen K.Y. COVID-19 re-infection by a phylogenetically distinct SARS-coronavirus-2 strain confirmed by whole genome sequencing // Clin. Infect. Dis. 2020. ciaa1275. doi:10.1093/cid/ciaa1275 61. Turner J.S., Day A., Alsoussi W.B., Liu Z., O'Halloran J.A., Presti R.M., Patterson B.K., Whelan S.P.J., Ellebedy A.H., Mudd P.A. SARS-CoV-2 Viral RNA Shedding for More Than 87 Days in an Individual With an Impaired CD8+ T Cell Response // Front. Immunol. 2021. V. 11. 618402. doi:10.3389/fimmu.2020.618402 62. Tyson J.R., James P., Stoddart D., Sparks N., Wickenhagen A., Hall G., Choi J.H., Lapointe H., Kamelian K., Smith A.D., Prystajecky N., Goodfellow I., Wilson S.J., Harrigan R., Snutch T.P., Loman N.J., Quick J. Improvements to the ARTIC multiplex PCR method for SARS-CoV-2 genome sequencing using nanopore // bioRxiv. 2020. 2020.09.04.283077. doi:10.1101/2020.09.04.283077 63. Vacca D., Fiannaca A., Tramuto F., Cancila V., La Paglia L., Mazzucco W., Gulino A., La Rosa M., Maida C.M., Morello G., Belmonte B., Casuccio A., Maugeri R., Iacopino G., Vitale F., Tripodo C., Urso A. Direct RNA nanopore sequencing of SARS-CoV-2 extracted from critical material from swabs // medRxiv.2020.12.21.20191346. doi.org/10.1101/2020.12.21.20191346 64. Valesano A.L., Rumfelt K.E., Dimcheff D.E., Blair C.N., Fitzsimmons W.J., Petrie J.G., Martin E.T., Lauring A.S. Temporal dynamics of SARS-CoV-2 mutation accumulation within and across infected hosts // bioRxiv. 2021. 2021.01.19.427330. doi:10.1101/2021.01.19.427330 65. Wang D., Wang Y., Sun W., Zhang L., Ji J., Zhang Z., Cheng X., Li Y., Xiao F., Zhu A., Zhong B., Ruan S., Li J., Ren P., Ou Z., Xiao M., Li M., Deng Z., Zhong H., Li F., Wang W.J., Zhang Y., Chen W., Zhu S., Xu X., Jin X., Zhao J., Zhong N., Zhang W., Zhao J., Li J., Xu Y. Population Bottlenecks and Intra-host Evolution During Human-to-Human Transmission of SARS-CoV-2 // Front. Med. (Lausanne). 2021. V. 8. P. 585358. doi:10.3389/fmed.2021.585358. 66. Wang Y., Wang D., Zhang L., Sun W., Zhang Z., Chen W., Zhu A., Huang Y., Xiao F., Yao J., Gan M., Li F., Luo L., Huang X., Zhang Y., Wong S.S., Cheng X, Ji J., Ou Z., Xiao M., Li M., Li J., Ren P., Deng Z., Zhong H., Xu X., Song T., Mok C.K.P., Peiris M., Zhong N., Zhao J., Li Y., Li J., Zhao J. Intra-host variation and evolutionary dynamics of SARS-CoV-2 populations in COVID-19 patients // Genome Med. 2021. V. 13(1). P. 30. doi:10.1186/s13073-021-00847-5 67. Wibmer C.K., Ayres F., Hermanus T., Madzivhandila M., Kgagudi P., Oosthuysen B., Lambson B.E., de Oliveira T., Vermeulen M., van der Berg K., Rossouw T., Boswell M., Ueckermann V., Meiring S., von Gottberg A., Cohen C., Morris L., Bhiman J.N., Moore P.L. SARS-CoV-2 501Y.V2 escapes neutralization by South African COVID-19 donor plasma // bioRxiv. 2021 Jan 19:2021.01.18.427166. doi:10.1101/2021.01.18.427166 68. Xia X. Extreme Genomic CpG Deficiency in SARS-CoV-2 and Evasion of Host Antiviral Defense // Mol Biol Evol. 2020. V.37(9).P.2699-2705. doi:10.1093/molbev/msaa094 69. Xiao M., Liu X., Ji J., Li M., Li J., Yang L., Sun W., Ren P., Yang G., Zhao J., Liang T., Ren H., Chen T., Zhong H., Song W., Wang Y., Deng Z., Zhao Y., Ou Z., Wang D., Cai J., Cheng X., Feng T., Wu H., Gong Y. Yang H., Wang J., Xu X., Zhu S., Chen F., Zhang Y., Chen W., Li Y., Li J. Multiple approaches for massively parallel sequencing of SARS-CoV-2 genomes directly from clinical samples // Genome Med. 2020. V. 12(1). P. 57. doi:10.1186/s13073-020-00751-4 70. Xu Y., Kang L., Shen Z., Li X., Wu W., Ma W., Fang C., Yang F., Jiang X., Gong S., Zhang L., Li M. Hybrid capture-based sequencing enables unbiased recovery of SAR-CoV-2 genomes from fecal samples and characterization of the dynamics of intra-host variants // bioRxiv. 2020. 07.30.230102. doi.org/10.1101/2020.07.30.230102 71. Zhou D., Dejnirattisai W., Supasa P., Liu C., Mentzer A.J., Ginn H.M., Zhao Y., Duyvesteyn H.M.E., Tuekprakhon A., Nutalai R., Wang B., Paesen G.C., Lopez-Camacho C., Slon-Campos J., Hallis B., Coombes N., Bewley K., Charlton S., Walter T.S., Skelly D., Lumley S.F., Dold C., Levin R., Dong T., Pollard A.J., Knight J.C., Crook D., Lambe T., Clutterbuck E., Bibi S., Flaxman A., Bittaye M., Belij-Rammerstorfer S., Gilbert S., James W., Carroll M.W., Klenerman P., Barnes E., Dunachie S.J., Fry E.E., Mongkolsapaya J., Ren J., Stuart D.I., Screaton G.R. Evidence of escape of SARS-CoV-2 variant B.1.351 from natural and vaccine-induced sera // Cell. 2021. S0092-8674(21)00226-9. doi:10.1016/j.cell.2021.02.037