Влияние SYBR Green I на протекание изотермической амплификации с помощью ДНК полимеразы Bst exo
Год: 2018
Страницы: 268-273
Номер: Том 10, № 3
Тип: научная статья
Аннотация:
Амплификация нуклеиновых кислот имеет большое значение в исследованиях генома и ДНК-диагностике. Ее осуществляют различными методами, в первую очередь с помощью полимеразной цепной реакции. В последнее время все большее распространение получают изотермические методы, например, амплификация катящимся кольцом, для проведения которых используют ДНК полимеразы с цепь-смещающей активностью. Среди последних наиболее популярна ДНК полимераза Bst, однако для нее характерно образование неспецифических продуктов. В данной работе изучено влияние интеркалирующего красителя SYBR Green I на образование специфических и неспецифических продуктов в реакции амплификации по типу катящегося кольца с помощью большого фрагмента ДНК полимеразы Bst (Bst exo-). Определены концентрации SYBR Green I, полностью ингибирующие образование мультимерных продуктов на линейных матрицах и практически не влияющие на амплификацию кольцевых матриц.
Ключевые слова:
изотермическая амплификация; мультимеризация; ДНК полимераза Bst exo- ; SYBR Green I; ингибирование
Библиографический список:
- Сахабутдинова А.Р., Максимова М.А., Гарафутдинов Р.Р. Получение ДНК-матриц с помощью Т4 РНК лигазы для амплификации катящимся кольцом. Молекулярная биология. 2017. Т. 51(4). С. 724-733. doi:10.7868/S0026898417040164 @@ Sakhabutdinova A.R., Maksimova, M.A., Garafutdinov R.R. Synthesis of Circular DNA Templates with T4 RNA Ligase for Rolling Circle Amplification. Molecular biology. 2017. V. 51(4). P. 639-646. doi:10.7868/S0026898417040164
- Ali M.M., Li F., Zhang Zh., Zhang K., Kang D.K., Ankrum J.A., Le X.C., Zhao W. 2014. Rolling circle amplification: a versatile tool for chemical biology, materials science and medicine. Chem. Soc. Rev. V. 43. P. 3324-3341. doi:10.1039/c3cs60439j
- Deng H., Gao Z. Bioanalytical applications of isothermal nucleic acid amplification techniques. Anal. Chim. Acta. 2015. V. 853. P. 30-45. doi:10.1016/j.aca.2014.09.037
- Fakruddin M., Mannan K.S., Chowdhury A., Mazumdar R.M., Hossain M. N., Islam S., Chowdhury M.A. Nucleic acid amplification: Alternative methods of polymerase chain reaction. J. Pharm. Bioall. Sci. 2013. V. 5(4). P. 245-252. doi:10.4103/0975-7406.120066
- Gudnason H., Dufva M., Bang D.D., Wolff A. Comparison of multiple DNA dyes for real-time PCR: effects of dye concentration and sequence composition on DNA amplification and melting temperature. Nucleic Acids Res. 2007. V. 35(19). e127. doi:10.1093/nar/gkm671
- Hafner G.J, Yang I.C., Wolter L.C., Stafford M.R., Giffard P.M. Isothermal amplification and multimerization of DNA by Bst DNA polymerase. BioTechniques. 2001. V. 30(4), P. 852-86.
- Monis P.T., Giglio S., Saint P. C. Comparison of SYTO9 and SYBR Green I for real-time polymerase chain reaction and investigation of the effect of dye concentration on amplification and DNA melting curve analysis. Anal. Biochem. 2005. V. 340(1). P. 24-34. doi:10.1016/j.ab.2005.01.046
- van Oorschot R.A.H., Ballantyne K.N., Mitchell R.J. Forensic trace DNA: a review. Investigative Genetics. 2010. V. 1 (14). doi:10.1186/2041-2223-1-14
- Wang G., Ding X., Hu J., Wu W., Sun J., Mu Y. Unusual isothermal multimerization and amplification by the strand-displacing DNA polymerases with reverse transcription activities. Sci. Rep. 2017. V. 7. article number: 13928. doi:10.1038/s41598-017-13324-0
- Zhao Y., Chen F., Li Q., Wang L., Fan C. Isothermal amplification of nucleic acids. Chem. Rev. 2015. V. 115. P.12491-12545. doi:10.1021/acs.chemrev.5b00428