Дизайн праймеров для полимеразной цепной реакции. (Краткий обзор компьютерных программ и баз данных)

Авторы:
Чемерис Д.А. , Кирьянова О.Ю. , Губайдуллин И.М. , Чемерис А.В.
Название:
Дизайн праймеров для полимеразной цепной реакции. (Краткий обзор компьютерных программ и баз данных)
Страницы:
215-238
скачано
43 раз(а)


За три десятилетия своего существования полимеразная цепная реакция (ПЦР) стала практически вездесущей. Приблизительно в каждой восьмой работе, где анализируется ДНК, применяется имеющий огромное множество вариаций метод ПЦР. Олигонуклеотидные праймеры являются крайне важной составляющей любой полимеразной цепной реакции, и существует целый ряд требований к их дизайну. В настоящее время для этой цели в основном используются базирующиеся на различных алгоритмах специализированные компьютерные программы, число которых уже превышает полторы сотни. Многие программы для дизайна праймеров существуют в виде бесплатных web-сервисов, также их дистрибутивы могут быть получены от разработчиков или скачаны с соответствующих сайтов, нередко авторы открывают для всех желающих доступ к исходным кодам своих разработок. Ряд программ доступен из коммерческих источников. С накоплением информации о нуклеотидных последовательностях отдельных генов и целых геномов обязательным этапом подбора стала проверка праймеров с помощью программы BLAST на вероятность их неспецифического связывания с матрицей, что позволяет в дальнейшем избежать появления нецелевых продуктов полимеразной цепной реакции. Существующие программы позволяют вести дизайн праймеров для различных модификаций  этого метода, среди которых мультиплексная, вырожденная, метабисульфитная ПЦР, ПЦР в реальном времени, ПЦР с последующим клонированием множественных фрагментов, в том числе безлигазным, ПЦР для проведения сайт-направленного мутагенеза, ПЦР, нацеленная на выявление мутаций, инделов, однонуклеотидного полиморфизма ДНК и др. Проводится многопараметрический анализ свойств олигонуклеотидов in silico (определение температуры плавления, выявление вторичных структур, димеров и т. п.). Разработаны программы, осуществляющие дизайн олигонуклеотидных праймеров с различными модификациями, например, содержащих рибонуклеотиды, LNA-нуклеотиды. В последнее время стали появляться программы дизайна праймеров, учитывающие уровень плоидности генома конкретного вида организма. В статье приведено большое число ссылок на web-сервисы компьютерных программ для дизайна праймеров. Кратко охарактеризованы некоторые базы данных, в которых накапливается информация о последовательностях хорошо зарекомендовавших себя праймеров. Цитированная литература составила более 240 источников. В данной работе рассматриваются программные комплексы, и отчасти некоторые алгоритмы, которые применяются для подбора праймеров. Основой любого современного программного комплекса, эффективного алгоритма является математическое описание в виде систем алгебраических, дифференциальных уравнений, интегрально-дифференциальных уравнений.
   ТЕКСТЫ
Заказ
Оформите заказ, наш сотрудник свяжется с вами для уточнения деталей.
Ваша заявка успешно отправлена!
Необходимо принять условия соглашения
Вы заполнили не все обязательные поля
Произошла ошибка, попробуйте ещё раз

Обратный звонок
Представьтесь, мы вам перезвоним.
Ваша заявка успешно отправлена!
Необходимо принять условия соглашения
Вы заполнили не все обязательные поля
Произошла ошибка, попробуйте ещё раз