Первый отечественный прибор для массового параллельного секвенирования ДНК Нанофор СПС
Год: 2025
Страницы: 121-132
Номер: Том 17, № 2
Тип: научная статья
DOI: https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2025-9
Рубрика: Статьи
Авторы: Алексеев Яков Игоревич, Петров Александр Иванович, Чубинский-Надеждин Игорь Вадимович, Резник Владислав С., Никаноров В.В., Пушкин Антон Андреевич, Ващенко К.Д., Герасимов К.Е., Квон Дмитрий Аркадьевич, Веретенников Александр Владимирович, Воробьев Александр Анатольевич, Кудряшов В.А., Евстрапов Анатолий Александрович, Курочкин Владимир Ефимович
Аннотация:
Статья посвящена разработке первого российского прибора для массового параллельного секвенирования ДНК Нанофор СПС. Прибор задумывался как отечественная альтернатива наиболее распространенного на мировом рынке секвенатора MiSeq, производства американской компании Illumina, имеющего производительность достаточную для расшифровки полных геномов малых организмов – бактерий, вирусов, грибов, а также для проведения расшифровки большого количества образцов по интересующим исследователей группам генов. Такая универсальность при одновременно невысокой (по сравнению с истинно полногеномными высокопроизводительными секвенаторами) стоимости запуска обусловили большую популярность приборам MiSeq. В основе принципа функционирования приборов Нанофор СПС и MiSeq лежит технология секвенирования путем синтеза с детекцией сигнала флуоресценции, базовые элементы которой разработаны советскими и российскими учеными в 90-х годах прошлого века.
Ключевые слова:
массовое параллельное секвенирование ДНК, секвенирование путем синтеза, флуоресцентное секвенирование, реакционная ячейка
Библиографический список:
- Sanger F, Coulson AR. A rapid method for determining sequences in DNA by primed synthesis with DNA polymerase. J Mol Biol. 1975. 94(3). 441-448. doi: 10.1016/0022-2836(75)90213-2
- Алексеев Я.И., Белов Ю.В., Малюченко О.П., Монахова Ю.А., Натыров А.Н., Орехов В.А., Коновалов С.В., Курочкин В.Е., Петров А.И. Генетический анализатор для фрагментного анализа ДНК. Научное приборостроение. 2012. 22(4). 86-92.
- Ignateva DA, Gorbunova TYu, Keita I, Alekseev YaI, Gorbunov RV, Shvartsev AA, Volkov AA, Monakhova YuA, Tabunshchik VA, Diakité S, Baldé AM, Sow MD, Diallo AIP. Bacterial composition of soils in the Fatala river basin (Guinea) during the dry season: an examination of its relationship with ecological landscape characteristics. South of Russia: Ecology, Development. 2024. 19(4). (73). 110-130.
- Четверин А.Б., Четверина Е.В. 1995. Способ размножения нуклеиновых кислот, способ их экспрессии и среда для их осуществления. Патент РФ № 2048522
- Khrapko KR, Lysov YuP, Khorlin AA, Ivanov IB, Yershov GM, Vasilenko SK, Florentiev VL, Mirzabekov AD. A method for DNA sequencing by hybridization with oligonucleotide matrix. DNA Seq. 1991. 1(6). 375-388. doi: 10.3109/10425179109020793
- Zavgorodny S, Polianski M, Besidsky E, Kriukov V, Sanin A, Pokrovskaya M, Gurskaya G, Lönnberg H, Azhayev A. 1-Alkylthioalkylation of Nucleoside Hydroxyl Functions and Its Synthetic Applications: A New Versatile Method in Nucleoside Chemistry. Tetrahedron Letters. 32(51). 7593-7596. doi: 10.1016/0040-4039(91)80543-F
- Зубов В.В., Чемерис Д.А., Василов Р.Г., Курочкин В.Е., Алексеев Я.И. Краткая история методов высокопроизводительного секвенирования нуклеиновых кислот. Biomics. 2021. 13(1). 27-46. DOI: 10.31301/2221-6197.bmcs.2021-4