Метагеномый анализ последовательностей вирусов РНК — является ли это панацеей для быстрого поиска эффективных праймеров для вирусной диагностики
Год: 2017
Страницы: 384-388
Номер: Том 9, № 4
Тип: научная статья
Аннотация:
В настоящей работе мы описали новый метод геномики, который включает фильтрацию данных и окончательную подготовку вирусных консенсусных последовательностей для анализа. Поэтому результаты могут использоваться и для расчета праймеров с целью обнаружения вирусов. Этот метод позволяет проводить одновременный и одномоментный анализ множества последовательностей для получения информации об изменчивости в каждом сайте на уровне целого генома или при работе с наиболее полном консенсусом - на уровне популяции вирусов. Мы приводим два примера для диагностики РНК-вирусов, заражающих пчел, и вируса крупного рогатого скота, которые мы успешно протестировали на биологических образцах, собранных в России.
Ключевые слова:
ретровирусы, метагеномика, изменчивость вирусов, Apis mellifera, Bos taurus, вирус лейкемии, изменчивость мутаций
Библиографический список:
- Alignment database (2016) bee viruses. https://goo.gl/4RXgwf
- Alignment ftp database (2016) BLV. https://goo.gl/4RXgwf
- Barnes M.R. Bioinformatics for Geneticists: A Bioinformatics Primer for the Analysis of Genetic Data. 2007. P.1-576.
- Berenyi O., Bakonyi N., Derakhshifar I., Koglberger H., Nowotny N. Occurrence of six honeybee viruses in diseased Austrian apiaries // Appl. Envir. Microbiology. // 2006. V.72. P.2414- 2420. doi: 10.1128/AEM.72.4.2414-2420.2006
- Chen Y.P., Higgins J.A., Feldlaufer M.F. Quantitative real-time reverse transcription-PCR analysis of deformed wing virus infection in the honeybee (Apis mellifera L.) // Appl. Environ. Microbiology. 2005. V.71. P.436-441. doi: 10.1128/AEM.71.1.436-441.2005
- DeMiranda J.R., Genersch E. Deformed wing virus // J. Intertebr. Pathology. 2010. V.103. P.48- 61. doi: 10.1016/j.jip.2009.06.012
- Livak K.J., Schmittgen T.D. Analysis of relative gene expression data using real-time quantitative PCR data // Methods. 2001. V.25. P.402-408. doi: 10.1006/meth.2001.1262
- Mackay I.M. Real-time PCR in the microbiology laboratory // Clin. Microbiol. Infections. 2002 . V.10. P.190-212. doi: 10.1111/j.1198- 743X.2004.00722.x
- Rola-Łuszczak M, Finnegan C, Olech M, Choudhury B, Kuźmak J. Development of an improved real time PCR for the detection of bovine leukaemia provirus nucleic acid and its use in the clarification of inconclusive serological test results // J. Virol. Methods. 2013. V.189. P.258-64. doi: 10.1016/j.jviromet.2013.02.014