Biomics

Одной из основных проблем при разработке новых лекарственных соединений является выяснение точного механизма их действия, по которому достигается желаемый терапевтический эффект. На сегодняшний день существует ряд технологий, позволяющих строить обоснованные предположения о механизме действия отдельно взятого физиологически активного вещества, а также об их возможных индуцированных побочных и токсических эффектах. Среди таких технологий отдельное место занимают аффинная хроматография, белковые микрочипы, фаговый мониторинг и Y3H-системы. Именно с применением этих методов осуществляется большая часть исследований в этой области. В настоящем обзоре описаны перечисленные выше технологии и приводятся примеры их использования.

биологический скрининг, комбинаторный синтез, биомишени, рецепторные системы, терапевтические агенты, аффинность, низкомолекулярные лиганды, белковые микрочипы, фаговый мониторинг, Y3H-системы

1. Зефирова О.Н. Курс лекций по медицинской химии. МГУ, ХимФак, Москва, 2002 г. (неопубл.)
2. Сергеев П.В., Шимановский Н.Л. Рецепторы физиологически активных веществ. Москва, Медицина, 1987, с. 350.
3. Balakin K.V. Pharmaceutical Data Mining: Approaches and Applications for Drug Discovery // John Wiley and Sons, 2009: 565 p..
4. Bannwarth W., Hinzen B. Combinatorial chemistry: from theory to application // Wiley- VCH, 2006
5. Braun P.. Hu Y, Shen B, Halleck A, Koundiny M, Harlow E, LaBaer J. Proteome-scale purification of human proteins from bacteria. // Proc Natl Acad Sci U S A. 2002 Mar 5;99(5):2654-9.
6. Becker F, Murthi K, Smith C, Come J, Costa-Roldán N, Kaufmann C, Hanke U, Degenhart C, Baumann S, Wallner W, Huber A, Dedier S, Dill S, Kinsman D, Hediger M, Bockovich N, Meier- Ewert S, Kluge AF, Kley N. A three-hybrid approach to scanning the proteome for targets of small molecule kinase inhibitors. // Chem Biol. 2004. 11(2): 211-23.
7. Davies S.P., Reddy H., Caivano M., Cohen P. Specificity and mechanism of action of some commonly used protein kinase inhibitors // Biochem. J. (2000). 351, 95-105
8. Fabian MA, Biggs WH 3rd, Treiber DK, Atteridge CE, Azimioara MD, Benedetti MG, Carter TA, Ciceri P, Edeen PT, Floyd M, Ford JM, Galvin M, Gerlach JL, Grotzfeld RM, Herrgard S, Insko DE, Insko MA, Lai AG, Lélias JM, Mehta SA, Milanov ZV, Velasco AM, Wodicka LM, Patel HK, Zarrinkar PP, Lockhart DJ. A small molecule-kinase interaction map for clinical kinase inhibitors. // Nat Biotechnol. 2005. Mar; 23(3):329-36.
9. Frankel A, Li S., Starck S.R,, Roberts R W.. Unnatural RNA display libraries // Current Opinion in Structural Biology. 2003, 13: 506–512.
10. Hüser J. High-throughput screening in drug discovery // Wiley-VCH, 2006: 344 p..
11. Lebendiker M., Danieli T. Purification of proteins fused to maltose-binding protein. // Methods Mol Biol. 2011;681:281-93.
12. Mukund S. C. Drug Discovery and Development: Drug Development // John Wiley and Sons, Hardcover, 2006: p. 476.
13. Nilsson J, Ståhl S, Lundeberg J, Uhlén M, Nygren PA. Affinity fusion strategies for detection, purification, and immobilization of recombinant proteins. // Protein Expr Purif. 1997 Oct;11(1):1-16
14. Rang H. P., Drug discovery and development: technology in transition, // Churchill Livingstone / Elsevier 2006: 346 p.
15. Singh P.K., Chan P.F., Hibbs M.J., Vazquez M.J., Segura D.C., Thomas D.A., Theobald A.J., Gallagher K.T., Hassan N.J. High-yield production and characterization of biologically active GST-tagged human topoisomerase IIα protein in insect cells for the development of a high-throughput assay // Protein Expr Purif. 2011 Apr;76(2):165-72.
16. Takahashi, T.T., Austin, R.J. and Roberts, R.W. mRNA display: ligand discovery, interaction analysis and beyond // Trends Biochem Sci 2003, 28, 159-165.
17. Trayer I P., Olsen K. W. Affinitychromatography studies on the A protein of lactose synthetase // Biochem. J. (1972), 127 (9– 0).
18. Turner J. R. New drug development: design, methodology, and analysis // Hoboken, N.J.: Wiley-Interscience. xxi, 2007: 270 p..
19. Zhu H, Klemic JF, Chang S, Bertone P, Casamayor A, Klemic KG, Smith D, Gerstein M, Reed MA, Snyder M. Analysis of yeast protein kinases using protein chips. // Nat Genet. 2000/ Nov;26(3):283-9.