Данные о генетическом разнообразии по маркерам ядерного и митохондриального геномов активно используются при проведении как фундаментальных, так и прикладных исследований медоносной пчелы Apis mellifera L. В статье приводятся результаты комплексного изучения медоносной пчелы ряда территорий Сибири (Томская область, Красноярский край): охарактеризована вариабельность локуса COI-COII мтДНК на уровне пчелиных семей и популяций; оценено соответствие отнесения к породе на основании данных анализа локуса COI-COII и морфометрических параметров (кубитальный и гантельный индексы, дискоидальное смещение), описана вариабельность ряда микросателлитных локусов (А007, А008, АР049, АС117, АС113, А024). Показано, что в пчелиных семьях, обитающих на пасеках Томской области, в ряде случаев выявлялись два и даже три варианта локуса COI-COII мтДНК (различные сочетания вариантов PQQ, PQQQ (характерны для среднерусской породы) и Q (характерен для южных пород)); зарегистрировано несоответствие между породной принадлежностью, определяемой по морфометрическим данным, и вариантом локуса COI-COII; в гибридных пчелиных семьях, происходящих по линии матки от пород южного происхождения (вариант Q), наблюдается быстрое вытеснение «южных» генов генами среднерусской породы. Установлен специфичный характер распределения частот аллелей по ряду микросателлитных локусов в пчелиных семьях сибирского региона (Томская область, Красноярский край), различающихся по происхождению: наибольшая дифференциация показана по локусам А008, А043, Аp049, несколько меньше - по локусам АС113 и А024. Сопоставление собственных результатов с данными по другим популяциям (башкирские популяции, различные популяции Западной Европы) позволили предположить, что локусы А024, Ap049 и А043 могут быть объектом более пристального исследования с точки зрения их информативности для разработки диагностикумов породной принадлежности; локус А008, возможно, маркирует различные экотипы среднерусской породы. Основываясь на результатах собственного исследования, а также данных работ других исследователей, обсуждаются некоторые проблемы, с которыми могут столкнуться исследователи при изучении генетического разнообразия медоносных пчел, а также возможные пути их решения.