Biomics

До прихода около 50 тысяч лет назад на территорию нынешней Западной Европы людей современного анатомического типа, называемых также кроманьонцами, на ней до этого в течение приблизительно 300 тысяч лет жили неандертальцы, которые вскоре исчезли. Причина вымирания неандертальцев занимает умы многих поколений палеоантропологов, причем за эти годы выдвинуто большое количество разнообразных версий, по одной из которых произошла ассимиляция неандертальцев кроманьонцами, что на самом деле не соответствует действительности. На вопрос, происходило ли межвидовое скрещивание этих древних гоминин, уверенно можно сказать лишь одно – неандерталки свой вклад в популяции современных людей не внесли, что видно из различий в нуклеотидных последовательностях ДНК наследуемых матрилинейно митохондриальных геномов. Обнаруженное с помощью полногеномного секвенирования ядерной ДНК присутствие некоторых аллельных вариантов (в виде ряда однонуклеотидных замен) отдельных генов неандертальцев в геномах современных людей все же требует дополнительной проверки, для чего необходимо секвенирование большего числа полных геномов древних гоминин с большим покрытием. При этом и выборки современных геномов для такого анализа должны быть основательно увеличены, поскольку только сейчас на Планете «проживает» около 8 миллиардов весьма разных уникальных «геномов», и не менее 100 миллионов неандертальцев жило за весь период их существования, также несших уникальные геномы, хотя их полиморфизм был несколько ниже. В статье акцентировано внимание на том, что полным геномом (человека) должен считаться лишь его диплоидный вариант, который можно обозначить как 6.0, тогда как все ныне секвенированные геномы древних людей являются по сути квазигаплоидными и могут быть обозначены как 3.0, исходя из количества миллиардов пар нуклеотидов как в двойном, так и в одинарном наборе хромосом, соответственно. Соответственно, и покрытие при секвенировании геномов должно пересчитываться на их диплоидный статус, и не только для древних организмов. Также отмечается, что для секвенирования древней ДНК настоятельно требуется разработка новых мономолекулярных методов секвенирования, пусть и характеризующихся меньшей производительностью (скоростью), но не зависящих от каких-либо дополнительных манипуляций (амплификации, любых иных ферментативных обработок), что позволит устанавливать последовательность нуклеотидов как она есть, включая распознавание урацилов и модификаций азотистых оснований, а также их отсутствие в ДНК, что, безусловно, повысит точность данного процесса.

неандерталец, кроманьонец, анатомически современный человек, Homo sapiens, Homo neanderthalensis, палеогеномика, палеоантропология, полногеномное секвенирование, T2T секвенирование, квазигаплоидный геном, диплоидный геном, пангеном, древняя ДНК, скрещивание

1. Баймиев Ал.Х., Кулуев А.Р., Матниязов Р.Т., Гарафутдинов Р.Р., Баймиев Ан.Х., Гималов Ф.Р., Чемерис Д.А., Кулуев Б.Р., Чемерис А.В. Разнообразие количественных оценок содержания ДНК в ядрах растений, их разброс, некоторые термины и понятия (геном, C-value, пангеном) // Biomics. 2022. Т.14(1). С.79-100. DOI: https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2022-6  
2. Гарафутдинов Р.Р., Нагаев Н.Р., Сахабутдинова А.Р., Чемерис А.В. Аутентичность, сохранность и доступность древней ДНК // Вестник Башкирского университета. 2015. Т. 20. № 2. С. 432- 439.
3. Гарафутдинов Р.Р., Сахабутдинова А.Р., Чемерис А.В. Долговременное хранение молекул ДНК при комнатной температуре // Biomics. 2020. Т.12(4). С. 552-563. DOI: https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2020-49  
4. Гарафутдинов Р.Р., Чемерис Д.А., Сахабутдинова А.Р., Геращенков Г.А., Кулуев Б.Р., Баймиев Ан.Х., Баймиев Ал. Х., Салтыкова Е.С., Чемерис А.В. Почему вымерли неандертальцы и скрещивались ли они массово с кроманьонцами? (С палеодилетантской точки зрения, но с учетом данных полногеномного секвенирования образцов современной и древней ДНК) // Biomics. 2022. Т.14(2). С.134-155. DOI: https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2022-11
5. Зубов В.В., Чемерис Д.А., Василов Р.Г., Курочкин В.Е., Алексеев Я.И. Краткая история методов высокопроизводительного секвенирования нуклеиновых кислот // Biomics. 2021. Т.13(1). С. 27- 46. DOI: https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2021-4
6. Кулуев Б.Р., Баймиев Ан.Х., Геращенков Г.А., Юнусбаев У.Б., Гарафутдинов Р.Р., Алексеев Я.И., Баймиев Ал.Х., Чемерис А.В. Сто лет гаплоидным геномам. Сейчас наступает время диплоидных // Biomics. 2020. Т.12(4). С. 411-434. DOI: https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2020-33
7. Сахабутдинова А.Р., Михайленко К.И., Гарафутдинов Р.Р., Кирьянова О.Ю., Сагитова М.А., Сагитов А.М., Чемерис А.В. Небиологическое применение молекул ДНК // Biomics. 2019. Т.11(3). С. 344-377. DOI: https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2019-28
8. Чаплыгин Е.Ю., Морозов Р.А., Неволин В.К. О возможности анализа фрагментов биополимеров с помощью туннельной микроскопии // Биофизика. 2015. Т. 60(1). С. 32-37.
9. Чемерис А.В., Аминев Ф.Г., Гарафутдинов Р.Р., Анисимов В.А., Сагитов А.М., Хуснутдинова Э.К., Сахабутдинова А.Р., Чемерис Д.А., Михайленко К.И. ДНК-криминалистика. М.: Наука. 2022. 466 С.
10. Чемерис А.В., Ахунов Э.Д., Вахитов В.А. Секвенирование ДНК. М., Наука, 1999. 429 c.
11. Чемерис А.В., Магданов Э.Г., Гарафутдинов Р.Р., Вахитов В.А. Как исключить появление ложно- позитивных результатов при проведении полимеразной цепной реакции? // Вестн. биотехнол. физ.-хим. биол. 2012. Т. 8. № 3. С. 34-45.
12. Чемерис Д.А., Гарафутдинов Р.Р., Сагитов А.М., Сагитова М.А., Михайленко К.И., Зубов В.В., Василов Р.Г., Сломинский П.А., Анисимов В.А., Хуснутдинова Э.К., Алексеев Я.И., Курочкин В.Е., Лавров Г.С., Воробьёв А.А., Аминев Ф.Г., Чемерис А.В. Микродиплотипы как новые маркеры для ДНК- идентификации личности // Biomics. 2020. Т.12(2). С. 300-317. DOI: https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2020-17 
13. Aganezov S., Yan S.M., Soto D.C. et al. A complete reference genome improves analysis of human genetic variation // Science. 2022. V.376(6588). eabl3533. doi: https://doi.org/10.1126/science.abl3533
14. Andreeva TV, Manakhov AD, Gusev FE, Patrikeev AD, Golovanova LV, Doronichev VB, Shirobokov IG, Rogaev EI. Genomic analysis of a novel Neanderthal from Mezmaiskaya Cave provides insights into the genetic relationships of Middle Palaeolithic populations // Sci Rep. 2022 Jul 29;12(1):13016. doi: https://doi.org/10.1038/s41598-022-16164-9
15. Barlow A, Hartmann S, Gonzalez J, Hofreiter M, Paijmans JLA. Consensify: A Method for Generating Pseudohaploid Genome Sequences from Palaeogenomic Datasets with Reduced Error Rates. Genes (Basel). 2020 Jan 2;11(1):50. doi: https://doi.org/10.3390/genes11010050 
16. Bell DC, Thomas WK, Murtagh KM, Dionne CA, Graham AC, Anderson JE, Glover WR. DNA base identification by electron microscopy. Microsc Microanal. 2012 Oct;18(5):1049-53. doi: https://doi.org/10.1017/S1431927612012615 
17. Borry M, Hubner A, Rohrlach AB, Warinner C. PyDamage: automated ancient damage identification and estimation for contigs in ancient DNA de novo assembly. PeerJ. 2021 Jul 27;9:e11845. doi: https://doi.org/10.7717/peerj.11845
18. Bouwman BAM, Crosetto N, Bienko M. The era of 3D and spatial genomics. Trends Genet. 2022 Jun 6:S0168-9525(22)00118-4. doi: https://doi.org/10.1016/j.tig.2022.05.010
19. Briggs AW, Stenzel U, Johnson PL, Green RE, Kelso J, Prufer K, Meyer M, Krause J, Ronan MT, Lachmann M, Paabo S. Patterns of damage in genomic DNA sequences from a Neandertal. Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 Sep 11;104(37):14616-21. doi: https://doi.org/10.1073/pnas.0704665104
20. Cheng Z, Ventura M, She X, Khaitovich P, Graves T, Osoegawa K, Church D, DeJong P, Wilson RK, Paabo S, Rocchi M, Eichler EE. A genome-wide comparison of recent chimpanzee and human segmental duplications. Nature. 2005 Sep 1;437(7055):88-93. doi: https://doi.org/10.1038/nature04000
21. Commentary. Implications of the first complete human genome assembly. Genome Res. 2022. V32(4). P.595-598. doi: https://doi.org/10.1101/gr.276723.122
22. Dabney J, Meyer M, Paabo S. Ancient DNA damage. Cold Spring Harb Perspect Biol. 2013 Jul 1;5(7):a012567. doi: https://doi.org/10.1101/cshperspect.a012567 
23. Eriksson A, Manica A. Effect of ancient population structure on the degree of polymorphism shared between modern human populations and ancient hominins. Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Aug 28;109(35):13956-60. doi: https://doi.org/10.1073/pnas.1200567109 
24. Farrer AG, Wright SL, Skelly E, Eisenhofer R, Dobney K, Weyrich LS. Effectiveness of decontamination protocols when analyzing ancient DNA preserved in dental calculus. Sci Rep. 2021 Apr 2;11(1):7456. doi: https://doi.org/10.1038/s41598-021-86100-w
25. Feynman R.P. There's Plenty of Room at the Bottom: An Invitation to Enter a New Field of Physics // Engineering and Science (California Institute of Technology). 1960. V23. P.22-36.
26. Fu Q, Li H, Moorjani P, Jay F, Slepchenko SM, Bondarev AA, Johnson PL, Aximu-Petri A, Prufer K, de Filippo C, Meyer M, Zwyns N, Salazar-Garcia DC, Kuzmin YV, Keates SG, Kosintsev PA, Razhev DI, Richards MP, Peristov NV, Lachmann M, Douka K, Higham TF, Slatkin M, Hublin JJ, Reich D, Kelso J, Viola TB, Paabo S. Genome sequence of a 45,000-year- old modern human from western Siberia. Nature. 2014 Oct 23;514(7523):445-9. doi: https://doi.org/10.1038/nature13810
27. Garsmeur O, Droc G, Antonise R, Grimwood J, Potier B, Aitken K, Jenkins J, Martin G, Charron C, Hervouet C, Costet L, Yahiaoui N, Healey A, Sims D, Cherukuri Y, Sreedasyam A, Kilian A, Chan A, Van Sluys MA, Swaminathan K, Town C, Berges H, Simmons B, Glaszmann JC, van der Vossen E, Henry R, Schmutz J, D'Hont A. A mosaic monoploid reference sequence for the highly complex genome of sugarcane. Nat Commun. 2018 Jul 6;9(1):2638. doi: https://doi.org/10.1038/s41467-018-05051-5
28. Green RE, Krause J, Briggs AW, Maricic T, Stenzel U, Kircher M, Patterson N, Li H, Zhai W, Fritz MH, Hansen NF, Durand EY, Malaspinas AS, Jensen JD, Marques-Bonet T, Alkan C, Prufer K, Meyer M, Burbano HA, Good JM, Schultz R, Aximu-Petri A, Butthof A, Hober B, Hoffner B, Siegemund M, Weihmann A, Nusbaum C, Lander ES, Russ C, Novod N, Affourtit J, Egholm M, Verna C, Rudan P, Brajkovic D, Kucan Z, Gusic I, Doronichev VB, Golovanova LV, Lalueza-Fox C, de la Rasilla M, Fortea J, Rosas A, Schmitz RW, Johnson PLF, Eichler EE, Falush D, Birney E, Mullikin JC, Slatkin M, Nielsen R, Kelso J, Lachmann M, Reich D, Paabo S. A draft sequence of the Neandertal genome. Science. 2010 May 7;328(5979):710-722. doi: https://doi.org/10.1126/science.1188021
29. Greilhuber J., Dolezel J., Lysak M.A., Bennett M.D. The origin, evolution and proposed stabilization of the terms 'genome size' and 'C-value' to describe nuclear DNA contents. Ann Bot. 2005. V.95(1). P.255-260. doi: https://doi.org/10.1093/aob/mci019
30. Huang Y, Ringbauer H. hapCon: Estimating Contamination of Ancient Genomes by Copying from Reference Haplotypes. Bioinformatics. 2022 Jun 13;38(15):3768–77. doi: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btac390
31. IJdo JW, Baldini A, Ward DC, Reeders ST, Wells RA. Origin of human chromosome 2: an ancestral telomere-telomere fusion. Proc Natl Acad Sci U S A. 1991 Oct 15;88(20):9051-5. doi: https://doi.org/10.1073/pnas.88.20.9051
32. Jonsson H, Magnusdottir E, Eggertsson HP, Stefansson OA, Arnadottir GA, Eiriksson O, Zink F, Helgason EA, Jonsdottir I, Gylfason A, Jonasdottir A, Jonasdottir A, Beyter D, Steingrimsdottir T, Norddahl GL, Magnusson OT, Masson G, Halldorsson BV, Thorsteinsdottir U, Helgason A, Sulem P, Gudbjartsson DF, Stefansson K. Differences between germline genomes of monozygotic twins. Nat Genet. 2021 Jan;53(1):27-34. doi: https://doi.org/10.1038/s41588-020-00755-1
33. Korlević P, Gerber T, Gansauge MT, Hajdinjak M, Nagel S, Aximu-Petri A, Meyer M. Reducing microbial and human contamination in DNA extractions from ancient bones and teeth. Biotechniques. 2015 Aug 1;59(2):87-93. doi: https://doi.org/10.2144/000114320
34. Korlević P, Meyer M. Pretreatment: Removing DNA Contamination from Ancient Bones and Teeth Using Sodium Hypochlorite and Phosphate. Methods Mol Biol. 2019;1963:15-19. doi: https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9176-1_2
35. Kuhlwilm M, Boeckx C. A catalog of single nucleotide changes distinguishing modern humans from archaic hominins. Sci Rep. 2019 Jun 11;9(1):8463. doi: https://doi.org/10.1038/s41598-019-44877-x
36. Levy S, Sutton G, Ng PC, Feuk L, Halpern AL, Walenz BP, Axelrod N, Huang J, Kirkness EF, Denisov G, Lin Y, MacDonald JR, Pang AW, Shago M, Stockwell TB, Tsiamouri A, Bafna V, Bansal V, Kravitz SA, Busam DA, Beeson KY, McIntosh TC, Remington KA, Abril JF, Gill J, Borman J, Rogers YH, Frazier ME, Scherer SW, Strausberg RL, Venter JC. The diploid genome sequence of an individual human. PLoS Biol. 2007 Sep 4;5(10):e254. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0050254
37. Li R, Li Y, Zheng H, Luo R, Zhu H, Li Q, Qian W, Ren Y, Tian G, Li J, Zhou G, Zhu X, Wu H, Qin J, Jin X, Li D, Cao H, Hu X, Blanche H, Cann H, Zhang X, Li S, Bolund L, Kristiansen K, Yang H, Wang J, Wang J. Building the sequence map of the human pan-genome. Nat Biotechnol. 2010 Jan;28(1):57-63. doi: https://doi.org/10.1038/nbt.1596
38. Lowery RK, Uribe G, Jimenez EB, Weiss MA, Herrera KJ, Regueiro M, Herrera RJ. Neanderthal and Denisova genetic affinities with contemporary humans: introgression versus common ancestral polymorphisms. Gene. 2013 Nov 1;530(1):83-94. doi: https://doi.org/10.1016/j.gene.2013.06.005 
39. Lupski J.R. Biology in balance: human diploid genome integrity, gene dosage, and genomic medicine. Trends Genet. 2022. V.38(6). P.554-571. doi: https://doi.org/10.1016/j.tig.2022.03.001
40. Mafessoni F, Grote S, de Filippo C, Slon V, Kolobova KA, Viola B, Markin SV, Chintalapati M, Peyregne S, Skov L, Skoglund P, Krivoshapkin AI, Derevianko AP, Meyer M, Kelso J, Peter B, Prufer K, Paabo S. A high-coverage Neandertal genome from Chagyrskaya Cave. Proc Natl Acad Sci U S A. 2020 Jun 30;117(26):15132-15136. doi: https://doi.org/10.1073/pnas.2004944117
41. Mallick S, Li H, Lipson M, Mathieson I, Gymrek M, Racimo F, Zhao M, Chennagiri N, Nordenfelt S, Tandon A, Skoglund P, Lazaridis I, Sankararaman S, Fu Q, Rohland N, Renaud G, Erlich Y, Willems T, Gallo C, Spence JP, Song YS, Poletti G, Balloux F, van Driem G, de Knijff P, Romero IG, Jha AR, Behar DM, Bravi CM, Capelli C, Hervig T, Moreno-Estrada A, Posukh OL, Balanovska E, Balanovsky O, Karachanak-Yankova S, Sahakyan H, Toncheva D, Yepiskoposyan L, Tyler-Smith C, Xue Y, Abdullah MS, Ruiz-Linares A, Beall CM, Di Rienzo A, Jeong C, Starikovskaya EB, Metspalu E, Parik J, Villems R, Henn BM, Hodoglugil U, Mahley R, Sajantila A, Stamatoyannopoulos G, Wee JT, Khusainova R, Khusnutdinova E, Litvinov S, Ayodo G, Comas D, Hammer MF, Kivisild T, Klitz W, Winkler CA, Labuda D, Bamshad M, Jorde LB, Tishkoff SA, Watkins WS, Metspalu M, Dryomov S, Sukernik R, Singh L, Thangaraj K, Paabo S, Kelso J, Patterson N, Reich D. The Simons Genome Diversity Project: 300 genomes from 142 diverse populations. Nature. 2016 Oct 13;538(7624):201-206. doi: https://doi.org/10.1038/nature18964
42. Meyer M, Arsuaga JL, de Filippo C, Nagel S, Aximu-Petri A, Nickel B, Martinez I, Gracia A, Bermudez de Castro JM, Carbonell E, Viola B, Kelso J, Prufer K, Paabo S. Nuclear DNA sequences from the Middle Pleistocene Sima de los Huesos hominins. Nature. 2016 Mar 24;531(7595):504-7. doi: https://doi.org/10.1038/nature17405
43. Meyer M, Kircher M, Gansauge MT, Li H, Racimo F, Mallick S, Schraiber JG, Jay F, Prufer K, de Filippo C, Sudmant PH, Alkan C, Fu Q, Do R, Rohland N, Tandon A, Siebauer M, Green RE, Bryc K, Briggs AW, Stenzel U, Dabney J, Shendure J, Kitzman J, Hammer MF, Shunkov MV, Derevianko AP, Patterson N, Andres AM, Eichler EE, Slatkin M, Reich D, Kelso J, Paabo S. A high-coverage genome sequence from an archaic Denisovan individual. Science. 2012 Oct 12;338(6104):222-6. doi: https://doi.org/10.1126/science.1224344
44. Miga KH. Chromosome-Specific Centromere Sequences Provide an Estimate of the Ancestral Chromosome 2 Fusion Event in Hominin Genomes. J Hered. 2017 Jan;108(1):45-52. doi: https://doi.org/10.1093/jhered/esw039 
45. Miga KH, Wang T. The Need for a Human Pangenome Reference Sequence. Annu Rev Genomics Hum Genet. 2021 Aug 31;22:81-102. doi: https://doi.org/10.1146/annurev-genom-120120-081921
46. Nurk S., Koren S., Rhie A. et al. The complete sequence of a human genome. Science. 2022. V.376(6588). P.44-53. doi: https://doi.org/10.1126/science.abj6987
47. Orlando L, Gilbert MT, Willerslev E. Reconstructing ancient genomes and epigenomes. Nat Rev Genet. 2015 Jul;16(7):395-408. doi: https://doi.org/10.1038/nrg3935
48. Peyregne S, Peter BM. AuthentiCT: a model of ancient DNA damage to estimate the proportion of present-day DNA contamination. Genome Biol. 2020 Sep 15;21(1):246. doi: https://doi.org/10.1186/s13059-020-02123-y
49. Poszewiecka B, Gogolewski K, Stankiewicz P, Gambin A. Revised time estimation of the ancestral human chromosome 2 fusion. BMC Genomics. 2022 Aug 25;23(Suppl 6):616. doi: https://doi.org/10.1186/s12864-022-08828-7 
50. Prufer K, de Filippo C, Grote S, Mafessoni F, Korlević P, Hajdinjak M, Vernot B, Skov L, Hsieh P, Peyregne S, Reher D, Hopfe C, Nagel S, Maricic T, Fu Q, Theunert C, Rogers R, Skoglund P, Chintalapati M, Dannemann M, Nelson BJ, Key FM, Rudan P, Kućan Ž, Gušić I, Golovanova LV, Doronichev VB, Patterson N, Reich D, Eichler EE, Slatkin M, Schierup MH, Andres AM, Kelso J, Meyer M, Paabo S. A high-coverage Neandertal genome from Vindija Cave in Croatia. Science. 2017 Nov 3;358(6363):655-658. doi: https://doi.org/10.1126/science.aao1887 
51. Prufer K, Racimo F, Patterson N, Jay F, Sankararaman S, Sawyer S, Heinze A, Renaud G, Sudmant PH, de Filippo C, Li H, Mallick S, Dannemann M, Fu Q, Kircher M, Kuhlwilm M, Lachmann M, Meyer M, Ongyerth M, Siebauer M, Theunert C, Tandon A, Moorjani P, Pickrell J, Mullikin JC, Vohr SH, Green RE, Hellmann I, Johnson PL, Blanche H, Cann H, Kitzman JO, Shendure J, Eichler EE, Lein ES, Bakken TE, Golovanova LV, Doronichev VB, Shunkov MV, Derevianko AP, Viola B, Slatkin M, Reich D, Kelso J, Paabo S. The complete genome sequence of a Neanderthal from the Altai Mountains. Nature. 2014 Jan 2;505(7481):43-9. doi:https://doi.org/10.1038/nature12886
52. Renaud G, Hanghoj K, Willerslev E, Orlando L. gargammel: a sequence simulator for ancient DNA. Bioinformatics. 2017 Feb 15;33(4):577-579. doi: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btw670
53. Renaud G, Schubert M, Sawyer S, Orlando L. Authentication and Assessment of Contamination in Ancient DNA. Methods Mol Biol. 2019;1963:163-194. doi: https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9176-1_17
54. Renaud G, Slon V, Duggan AT, Kelso J. Schmutzi: estimation of contamination and endogenous mitochondrial consensus calling for ancient DNA. Genome Biol. 2015 Oct 12;16:224. doi: https://doi.org/10.1186/s13059-015-0776-0    
55. Roberts NJ, Vogelstein JT, Parmigiani G, Kinzler KW, Vogelstein B, Velculescu VE. The predictive capacity of personal genome sequencing. Sci Transl Med. 2012 May 9;4(133):133ra58. doi: https://doi.org/10.1126/scitranslmed.3003380
56. Rohland N, Harney E, Mallick S, Nordenfelt S, Reich D. Partial uracil-DNA-glycosylase treatment for screening of ancient DNA. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 2015 Jan 19;370(1660):20130624. doi: https://doi.org/10.1098/rstb.2013.0624
57. Slon V, Mafessoni F, Vernot B, de Filippo C, Grote S, Viola B, Hajdinjak M, Peyregne S, Nagel S, Brown S, Douka K, Higham T, Kozlikin MB, Shunkov MV, Derevianko AP, Kelso J, Meyer M, Prufer K, Paabo S. The genome of the offspring of a Neanderthal mother and a Denisovan father. Nature. 2018 Sep;561(7721):113-116. doi: https://doi.org/10.1038/s41586-018-0455-x
58. Soares AER. Hybridization Capture of Ancient DNA Using RNA Baits. Methods Mol Biol. 2019;1963:121-128. doi: https://doi.org/10.1007/978-1-4939-9176-1_13
59. Stankiewicz P. One pedigree we all may have come from - did Adam and Eve have the chromosome 2 fusion? Mol Cytogenet. 2016 Sep 26;9:72. doi: https://doi.org/10.1186/s13039-016-0283-3
60. Tanaka H, Kawai T. Partial sequencing of a single DNA molecule with a scanning tunnelling microscope. Nat Nanotechnol. 2009 Aug;4(8):518-22. doi: https://doi.org/10.1038/nnano.2009.155 
61. Venter JC. Multiple personal genomes await. Nature. 2010 Apr 1;464(7289):676-7. doi: https://doi.org/10.1038/464676a 
    Wall JD, Kim SK. Inconsistencies in Neanderthal genomic DNA sequences. PLoS Genet. 2007 Oct;3(10):1862-6. doi: https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0030175
62. Wang T, Antonacci-Fulton L, Howe K, Lawson HA, Lucas JK, Phillippy AM, Popejoy AB, Asri M, Carson C, Chaisson MJP, Chang X, Cook-Deegan R, Felsenfeld AL, Fulton RS, Garrison EP, Garrison NA, Graves-Lindsay TA, Ji H, Kenny EE, Koenig BA, Li D, Marschall T, McMichael JF, Novak AM, Purushotham D, Schneider VA, Schultz BI, Smith MW, Sofia HJ, Weissman T, Flicek P, Li H, Miga KH, Paten B, Jarvis ED, Hall IM, Eichler EE, Haussler D; Human Pangenome Reference Consortium. The Human Pangenome Project: a global resource to map genomic diversity. Nature. 2022 Apr;604(7906):437-446. doi: https://doi.org/10.1038/s41586-022-04601-8
63. Wheeler DA, Srinivasan M, Egholm M, Shen Y, Chen L, McGuire A, He W, Chen YJ, Makhijani V, Roth GT, Gomes X, Tartaro K, Niazi F, Turcotte CL, Irzyk GP, Lupski JR, Chinault C, Song XZ, Liu Y, Yuan Y, Nazareth L, Qin X, Muzny DM, Margulies M, Weinstock GM, Gibbs RA, Rothberg JM. The complete genome of an individual by massively parallel DNA sequencing. Nature. 2008 Apr 17;452(7189):872-6. doi: https://doi.org/10.1038/nature06884
64. Zhur KV, Trifonov VA, Prokhortchouk EB. Progress and Prospects in Epigenetic Studies of Ancient DNA. Biochemistry (Mosc). 2021 Dec;86(12):1563- 1571. doi: https://doi.org/10.1134/S0006297921120051