Biomics

В качестве подтверждения огромного разнообразия содержания ДНК в ядрах растительных клеток приведены граничные значения минимальных и максимальных показателей таких параметров, как число хромосом, варьирующее у растений на гаплоидный геном от двух хромосом до 480 (или даже до 720) хромосом, а также «весовые» размеры геномов в пикограммах в виде 1C-value с диапазоном от 0,065 до 152,23 пг на гаплоидный набор хромосом. Отмечена важность знаний количества ДНК и числа хромосом для выполнения проектов по секвенированию полных еще неизвестных геномов растений. Приведены также примеры секвенированных полных геномов растений резко отличающихся размеров (менее 100 млн.п.н. и свыше 30 млрд.п.н.). Уделено внимание необходимости придания столетнему термину «геном» нового смысла, согласно которого под ним должно пониматься уже все количество ДНК во всех хромосомах, независимо от плоидности, а не гаплоидный набор, как прежде, поскольку только совокупность всей ДНК (всех аллелей, как гомологичных, так и гомеологичных хромосом) определяет жизненный статус растения, да и любого другого эукариотического организма. Обращено внимание на то, что в понятие «полного генома» вкладываются различные уровни их завершенности от контигов и прочих черновых квазигаплоидных геномов до так называемых T2T геномов, представляющих собой установленные нуклеотидные последовательности по- хромосомно «от теломеры до теломеры». Наиболее полную информацию об организме может дать диплоидный геном, при определении которого производится так называемая фазированная сборка по гаплотипам. При этом для растений, и особенно для сортов культурных растений, эталонным геномом должен служить пангеном, несущий в себе максимальную информацию о различиях нуклеотидных последовательностей, характерных для исследуемого образца. Использование в селекции данных по пангеномам растений ознаменует собой переход на новый уровень подобных работ. Возможно в будущем, когда начнется массовое секвенирование действительно полных диплоидных геномов в формате T2T, для них потребуется новый термин, каким мог бы стать «дигеном» или коротко «дином».

растение, ядро, хромосома, геном, размер генома, C-value, пикограмм, полиплоидия, полногеномное секвенирование, T2T секвенирование, квазигаплоидный геном, диплоидный геном, пангеном, T2T геном, дином

1. Болховских З.В., Гриф В.Г., Захарьева О.И., Матвеева Т.С. Хромосомные числа цветковых растений / Под ред. А.Н. Федорова. Л.: Наука, 1969. 920 с.
2. Гаршин М.В., Картуха А.И., Кулуев Б.Р. Кок- сагыз: особенности культивирования, перспективы возделывания и внедрения в современное производство // Biomics. 2016. Том 8, № 4. С. 323-333
3. Гаршин М.В., Кулуев Б.Р. Крым-сагыз: Особенности растения, перспективы возделывания и селекция (Обзор) // Аграрная Россия. 2018. №4, С.40- 48
4. Зеленин А.В., Родионов А.В., Большева Н.Л. Бадаева Е.Д., Муравенко О.В. Истоки «генома»: происхождение и эволюция термина // Молекулярная биология. 2016. Т.50(4). С.611-620. DOI: 7868/S0026898416040170
5. Кулуев А.Р., Матниязов Р.Т., Чемерис Д.А., Чемерис А.В. Современные представления о родственных взаимоотношениях в пшенично- эгилопсном альянсе (с краткой исторической справкой) // Биомика. 2016. Т. 8. № 4. С. 297-310.
6. Кулуев Б.Р., Баймиев Ан.Х., Геращенков Г.А., Юнусбаев У.Б., Гарафутдинов Р.Р., Алексеев Я.И., Баймиев Ал.Х., Чемерис А.В. Сто лет гаплоидным геномам. Сейчас наступает время диплоидных // Биомика. Т.12(4). С. 411-434. DOI: https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2020-33
7. Кулуев Б.Р., Гарафутдинов Р.Р., Максимов И.В., Сагитов А.М., Чемерис Д.А., Князев А.В., Вершинина З.Р., Баймиев Ан.Х., Мулдашев А.А., Баймиев Ал.Х., Чемерис А.В. Натуральный каучук, его источники и составные части // Биомика. Т. 7(4). С. 224-283.
8. Кулуев Б.Р., Картуха А.И., Князев А.В., Фатерыга А.В., Чемерис А.В. Опыт выращивания Taraxacum hybernum (Asteraceae) // Растительные ресурсы. 2017. №4. С.543-554.
9. Поддубная-Арнольди В., Дианова В. Характер размножения некоторых каучуконосных и не каучуконосных видов рода Taraxacum // Ботанический журнал СССР. 1937. Т.22, №3. С.267- 295
10. Патрушев Л.И., Минкевич И.Г. Проблема размера геномов эукариот // Успехи биологической химии. 2007. Т.47. С. 293–370.
11. Сагитов А.М., Золкин С.Ю., Кулуев Б.Р., Гималов Ф.Р., Князев А.В., Чемерис А.В. Кастилла эластичная (Castilla elastica ) – почти забытый каучуконос // Biomics. 2021. Т.13(2). С.106-137. DOI: https://doi.org/ 10.31301/2221-6197.bmcs.2021-9
12. Шереметьев С.Н., Гамалей Ю.В., Слезнев Н.Н. Направления      эволюции              генома покрытосеменных // Цитология. Т. 53. С. 295-311.
13. Цвелев Н.Н., Жукова П.Г. О наименьшем основном числе хромосом в сем. Poaceae // Ботан. журнал. 1974. Т. 59. С. 265–269.
14. Aganezov S., Yan S.M., Soto D.C. et al. A complete reference genome improves analysis of human genetic variation // Science. V.376(6588). eabl3533. doi: https://doi.org/10.1126/science.abl3533
15. Ahmad R., Parfitt D.E., Fass J., Ogundiwin E., Dhingra A., Gradziel T.M., Lin D., Joshi N.A., Martinez- Garcia P.J., Crisosto C.H. Whole genome sequencing of peach (Prunus persica ) for SNP identification and selection // BMC Genomics. 2011. V.12. P.569. doi: https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-569
16. Alonge M., Shumate A., Puiu D., Zimin A.V., Salzberg S.L. Chromosome-Scale Assembly of the Bread Wheat Genome Reveals Thousands of Additional Gene Copies // Genetics. V.216(2). P.599-608. doi: https://doi.org/10.1534/genetics.120.303501
17. Arabidopsis Genome Initiative. Analysis of the genome sequence of the flowering plant Arabidopsis thaliana // Nature. V.408(6814). P.796-815. doi: https://doi.org/10.1038/35048692
18. Athiyannan N., Abrouk M., Boshoff W.H.P., Cauet S., Rodde N., Kudrna D., Mohammed N., Bettgenhaeuser J., Botha K.S., Derman S.S., Wing R.A., Prins R., Krattinger S.G. Long-read genome sequencing of bread wheat facilitates disease resistance gene cloning // Nat Genet. 2022. V.54(3). P.227-231. doi: https://doi.org/10.1038/s41588-022-01022-1
19. Bari , Gainullina K., Gumerova G., Uteulin K., Golovanov Ya., Chemeris A., Kuluev B. Multilocus DNA polymorphism of some rubber-bearing dandelions (Taraxacum spp.) of Russia and Kazakhstan // Genet Resour Crop Evol. 2022. V.69. No. 1. P.335.348. doi: https://doi.org/10.1007/s10722-021-01233-1
20. Bayer P.E., Golicz A.A., Scheben A., Batley J., Edwards D. Plant pan-genomes are the new reference // Nat Plants. V.6(8). P.914-920. doi: https://doi.org/10.1038/s41477-020-0733-0
21. Bayer P.E., Petereit J., Danilevicz M.F., Anderson R., Batley J., Edwards D. The application of pangenomics and machine learning in genomic selection in plants // Plant Genome. 2021. V.14(3). e20112. doi: https://doi.org/10.1002/tpg2.20112
22. Belser C., Baurens F.C., Noel B., Martin G., Cruaud C., Istace B., Yahiaoui N., Labadie K., Hřibová E., Doležel J., Lemainque A., Wincker P., D'Hont A., Aury M. Telomere-to-telomere gapless chromosomes of banana using nanopore sequencing // Commun Biol. 2021. V.4(1). P.1047. doi: https://doi.org/10.1038/s42003-021-02559-3
23. Bennett M.D., Smith J.B. Nuclear DNA amounts in angiosperms // Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. V.274(933).   P.227-274.           doi: https://doi.org/10.1098/rstb.1976.0044
24. Bevan M., Mayer K., White O., Eisen J.A., Preuss D., Bureau T., Salzberg S.L., Mewes H.W. Sequence and analysis of the Arabidopsis genome // Curr Opin Plant Biol. 2001. 4(2). P.105-10. doi: https://doi.org/10.1016/s1369-5266(00)00144-8
25. Brenchley R., Spannagl M., Pfeifer M., Barker , D’Amore R., Allen A., et al. Analysis of the bread wheat genome using whole-genome shotgun sequencing // Nature. 2012;491:705-710. DOI: https://doi.org/10.1038/nature11650
26. Castiglione M.R., Cremonini R. A fascinating island: 2n = 4 // Plant 2012. V.146(3). P.711- 726. DOI: https://doi.org/10.1080/11263504.2012.714806
27. Chapman V., Millert E., Riley R. Equivalence of the A genome of bread wheat and that of Triticum urartu // Genet. Res. 1976;27:69-76. DOI: https://doi.org/10.1017/S0016672300016244
28. Implications of the first complete human genome assembly // Genome Res. 2022. V32(4). P.595-598. doi: https://doi.org/10.1101/gr.276723.122
29. Du H, Yu Y, Ma Y, Gao Q, Cao Y, Chen Z, Ma B, Qi M, Li Y, Zhao X, Wang J, Liu K, Qin P, Yang X, Zhu L, Li S, Liang C. Sequencing and de novo assembly of a near complete indica rice genome // Nat Commun. V.8.15324.doi: https://doi.org/10.1038/ncomms15324
30. De Bodt S., Maere S., Van de Peer Y. Genome duplication and the origin of angiosperms // Trends Ecol Evol.2005.V.20(11).P.591-597.doi: https://doi.org/1016/j.tree.2005.07.008
31. Della Coletta R., Qiu Y., Ou S., Hufford M.B., Hirsch C.N. How the pan-genome is changing crop genomics and improvement // Genome Biol. 2021. 22(1). P.3. doi: https://doi.org/10.1186/s13059-020-02224-8
32. Deng Y., Liu S., Zhang Y., Tan J., Li X., Chu , Xu B., Tian Y., Sun Y., Li B., Xu Y., Deng X.W., He H., Zhang X. A telomere-to-telomere gap-free reference genome of watermelon and its mutation library provide important resources for gene discovery and breeding // Mol Plant. 2022. V.22. S1674-2052(22)00192-7. doi: https://doi.org/10.1016/j.molp.2022.06.010
33. Fleischmann A, Michael TP, Rivadavia F, Sousa A, Wang W, Temsch EM, Greilhuber J, Müller KF, Heubl G. Evolution of genome size and chromosome number in the carnivorous plant genus Genlisea (Lentibulariaceae), with a new estimate of the minimum genome size in angiosperms // Ann Bot. 2014 Dec;114(8):1651-63. doi: https://doi.org/10.1093/aob/mcu189
34. Garg S, Fungtammasan A, Carroll A, Chou M, Schmitt A, Zhou X, Mac S, Peluso P, Hatas E, Ghurye J, Maguire J, Mahmoud M, Cheng H, Heller D, Zook JM, Moemke T, Marschall T, Sedlazeck FJ, Aach J, Chin CS, Church GM, Li H. Chromosome-scale, haplotype- resolved assembly of human genomes // Nat Biotechnol. V.39(3). P.309-312. doi: https://doi.org/10.1038/s41587-020-0711-0
35. Goff S.A., Ricke D., Lan T.H. et al. A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa ssp. japonica) // Science. 2002. V.296(5565). P.92-100. doi: https://doi.org/10.1126/science.1068275
36. Golicz A.A., Batley J., Edwards D. Towards plant pangenomics // Plant Biotechnol J. 2016. 14(4). P.1099-1105. doi: https://doi.org/10.1111/pbi.12499
37. Greilhuber J, Borsch T, Müller K, Worberg A, Porembski S, Barthlott W. Smallest angiosperm genomes found in Lentibulariaceae, with chromosomes of bacterial size // Plant Biol (Stuttg). V.8(6). P.770-777. doi: https://doi.org/10.1055/s-2006-924101
38. Greilhuber J., Dolezel J. 2C or not 2C: a closer look at cell nuclei and their DNA content // Chromosoma. 2009. V.118(3). P.391-400. doi: https://doi.org/10.1007/s00412-009-0205-9
39. Greilhuber , Dolezel J., Lysák M.A., Bennett M.D. The origin, evolution and proposed stabilization of the terms 'genome size' and 'C-value' to describe nuclear DNA contents // Ann Bot. 2005. V.95(1). P.255-260. doi: https://doi.org/10.1093/aob/mci019
40. Hidalgo O., Pellicer J., Christenhusz M.J.M., Schneider H., Leitch I.J. Genomic gigantism in the whisk-fern family (Psilotaceae): Tmesipteris obliqua challenges record holder Paris japonica // Botanical Journal of the Linnean 2017. V.183(4). P.509 doi: https://doi.org/10.1093/botlinnean/box003
41. Hidalgo O., Pellicer J., Christenhusz M., Schneider H., Leitch A.R., Leitch I.J. Is There an Upper Limit to Genome Size? // Trends Plant Sci. 2017. 22(7). P.567-573. doi: https://doi.org/10.1016/j.tplants.2017.04.005
42. Ibarra-Laclette , Lyons E., Hernández-Guzmán et al. Architecture and evolution of a minute plant genome. Nature. 2013. V.498(7452). P.94-98. doi: https://doi.org/10.1038/nature12132
43. International Wheat Genome Sequencing Consortium (IWGSC). Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome // Science. V.361(6403). eaar7191. doi: https://doi.org/10.1126/science.aar7191
44. Johnston JS, Pepper AE, Hall AE, Chen ZJ, Hodnett G, Drabek J, Lopez R, Price HJ. Evolution of genome size in Brassicaceae // Ann Bot. 2005. V.95(1). P.229-235. doi: https://doi.org/1093/aob/mci016
45. Johnson M.A.T., Kenton A.Y., Bennett M.D., Brandham E. Voanioala gerardii has the highest known chromosome number in the monocotyledons // Genome. 1989. V. 32(2). P.328-333. doi: https://doi.org/10.1139/g89-449
46. Khandelwal S. Chromosome evolution in the genus Ophioglossum // Botanical Journal of the Linnean Society. 1990. V.102(3). P 205–217. doi: https://doi.org/10.1111/j.1095-8339.1990.tb01876.x
47. Kelly L.J., Renny-Byfield S., Pellicer J., Macas , Novák P., Neumann P., Lysak M.A., Day P.D., Berger M., Fay M.F., Nichols R.A., Leitch A.R., Leitch I.J. Analysis of the giant genomes of Fritillaria (Liliaceae) indicates that a lack of DNA removal characterizes extreme expansions in genome size // New Phytol. 2015. V.208(2). P.596-607. doi: https://doi.org/10.1111/nph.13471
48. Koren S., Rhie A., Walenz B.P., Dilthey A.T., Bickhart D.M., Kingan S.B., Hiendleder S., Williams L., Smith T.P.L., Phillippy A.M. De novo assembly of haplotype-resolved genomes with trio binning // Nat Biotechnol. 2018. V22:10.1038/nbt.4277. doi: https://doi.org/10.1038/nbt.4277
49. Kress W.J., Soltis D.E., Kersey P.J., Wegrzyn J.L., Leebens-Mack J.H., Gostel M.R., Liu X., Soltis P.S. Green plant genomes: What we know in an era of rapidly expanding opportunities // Proc Natl Acad Sci USA. V.119(4).        e2115640118.      doi: https://doi.org/10.1073/pnas.2115640118
50. Kuzmin D.A., Feranchuk S.I., Sharov V.V., Cybin A.N., Makolov S.V., Putintseva Y.A., Oreshkova N.V., Krutovsky K.V. Stepwise large genome assembly approach: a case of Siberian larch (Larix sibirica Ledeb) // BMC Bioinformatics. 2019. V.20 (Suppl 1). P.37. doi: https://doi.org/10.1186/s12859-018-2570-y
51. Lam M., Xu X., Liu X. et al. Resequencing of 31 wild and cultivated soybean genomes identifies patterns of genetic diversity and selection // Nat Genet. 2010. V.42. P.1053–1059. doi: https://doi.org/10.1038/ng.715
52. Leitch IJ, Beaulieu JM, Cheung K, Hanson L, Lysak MA, Fay Punctuated genome size evolution in Liliaceae // J Evol Biol. 2007. V.20(6). P.2296-308. doi: https://doi.org/10.1111/j.1420-9101.2007.01416.x
53. Leushkin E.V., Sutormin R.A., Nabieva E.R., Penin A.A., Kondrashov A.S., Logacheva M.D. The miniature genome of a carnivorous plant Genlisea aurea contains a low number of genes and short non-coding sequences // BMC Genomics. V.14. P.476. doi: https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-476
54. Li W, Liu J, Zhang H, Liu Z, Wang Y, Xing L, He Q, Du H. Plant pan-genomics: recent advances, new challenges, and roads ahead // J Genet Genomics. V.21. S1673-8527(22)00162-X.doi: https://doi.org/10.1016/j.jgg.2022.06.004
55. Liu J., Seetharam A.S., Chougule K. et al. Gapless assembly of maize chromosomes using long-read technologies // Genome Biol. 2020. V.21(1). P.121. doi: https://doi.org/10.1186/s13059-020-02029-9
56. Lupski J.R. Biology in balance: human diploid genome integrity, gene dosage, and genomic medicine // Trends Genet. V.38(6). P.554-571. doi: https://doi.org/10.1016/j.tig.2022.03.001
57. Menzel M.Y. A Cytological Method for Genome Analysis in // Genetics. 1955. V.40. P.214- 223.
58. Miao X., Yu Y., Zhao Z., Wang Y., Qian X., Wang Y., Li S., Wang C. Chromosome-Level Haplotype Assembly for Equus asinus // Front Genet. V.13. 738105. doi: https://doi.org/10.3389/fgene.2022.738105
59. Michael T.P., VanBuren R. Building near- complete plant genomes // Curr Opin Plant 2020. V.54. P.26-33. doi: https://doi.org/10.1016/j.pbi.2019.12.009
60. Montenegro J.D., Golicz A.A., Bayer P.E., Hurgobin B., Lee H., Chan C.K., Visendi P., Lai K., Doležel J., Batley J., Edwards D. The pangenome of hexaploid bread wheat // Plant J. 2017. 90(5). P.1007- 1013. doi: https://doi.org/10.1111/tpj.13515
61. Morton N.E. Parameters of the human genome // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1991. V. 88. 7474-7476. doi: https://doi.org/10.1073/pnas.88.17.7474
62. Navrátilová P., Toegelová H., Tulpová Z., Kuo Y.T., Stein N., Doležel J., Houben A., Šimková H., Mascher M. Prospects of telomere-to-telomere assembly in barley: Analysis of sequence gaps in the MorexV3 reference genome // Plant Biotechnol J. 2022. 20(7). P.1373-1386. doi: https://doi.org/10.1111/pbi.13816
63. Neale D.B., Zimin A.V., Zaman S. et al. Assembled and annotated 26.5 Gbp coast redwood genome: a resource for estimating evolutionary adaptive potential and investigating hexaploid origin // G3 (Bethesda). 2022. 12(1). jkab380. doi: https://doi.org/10.1093/g3journal/jkab380
64. Niu S., Li J., Bo W. et al. The Chinese pine genome and methylome unveil key features of conifer evolution // Cell. 2022. 185(1). P.204-217.e14. doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.12.006 .
65. Noguera-Solano R., Ruiz-Gutierrez R., Rodriguez-Caso M. Genome: twisting stories with DNA // Endeavour. 2013. V.37(4). P.213-219. doi: https://doi.org/10.1016/j.endeavour.2013.05.003
66. Nurk S., Koren S., Rhie A. et al. The complete sequence of a human genome // Science. V.376(6588). P.44-53. doi: 10.1126/science.abj6987
67. Nystedt B., Street N.R., Wetterbom A. et al. The Norway spruce genome sequence and conifer genome evolution // Nature. V.497(7451). P.579-584. doi: https://doi.org/10.1038/nature12211
68. Oginuma K., Munzinger J., Tobe H. Exceedingly high chromosome number in Strasburgeriaceae, a monotypic family endemic to New Caledonia // Plant Syst. Evol. 2006. V.262. P. 97–101. doi: https://doi.org/10.1007/s00606-006-0451-8
69. Ogur M., Erickson R.O., Rosen G.U., Sax K.B., Holden C. Nucleic acids in relation to cell division in Lilium longiflorum // Experimental Cell Research. V.2(1). P.73-89. doi: https://doi.org/10.1016/0014-4827(51)90007-9
70. Padgitt-Cobb L.K., Kingan S.B., Wells J., Elser J., Kronmiller B., Moore D., Concepcion G., Peluso P., Rank D., Jaiswal P., Henning J., Hendrix D.A. A draft phased assembly of the diploid Cascade hop (Humulus lupulus) genome // Plant Genome. V.14(1). e20072. doi: https://doi.org/10.1002/tpg2.20072
71. Pellicer J., Fay M.F., Leitch I.J. The largest eukaryotic genome of them all? // Botanical Journal of the Linnean Society. V.164(1). P.10–15. doi: https://doi.org/10.1111/j.1095-8339.2010.01072.x
72. Pellicer J, Leitch IJ. The Plant DNA C-values database (release 7.1): an updated online repository of plant genome size data for comparative studies // New 2020 Apr;226(2):301-305.doi: https://doi.org/10.1111/nph.16261
73. Qi W., Lim Y.W., Patrignani A., Schläpfer P., Bratus-Neuenschwander A., Grüter S., Chanez C., Rodde N., Prat E., Vautrin S., Fustier M.A., Pratas D., Schlapbach R., Gruissem W. The haplotype-resolved chromosome pairs of a heterozygous diploid African cassava cultivar reveal novel pan-genome and allele- specific transcriptome features // 2022. V.11. giac028. doi: https://doi.org/10.1093/gigascience/giac028
74. Rice A., Glick L., Abadi S., Einhorn M., Kopelman M., Salman-Minkov A., Mayzel J., Chay O., Mayrose I. The Chromosome Counts Database (CCDB) - a community resource of plant chromosome numbers // New Phytol. 2015. V.206(1). P.19-26. doi: https://doi.org/10.1111/nph.13191
75. Ris H., Mirsky A.E. Quantitative cytochemical determination of desoxyribonucleic acid with the Feulgen nucleal reaction // J Gen 1949. V.33(2). P.125 DOI: https://doi.org/10.1085/jgp.33.2.125
76. Röser M. Mitosis and Interphase of the Highly Polyploid Palm Voanioala gerardii (2n = 606 ± 3) // Cytogenet Genome Res. 2015;147(1):70-9. doi: https://doi.org/1159/000441677
77. Scott A.D., Zimin A.V., Puiu D., Workman R., Britton M., Zaman S., Caballero M., Read A.C., Bogdanove A.J., Burns E., Wegrzyn J., Timp W., Salzberg S.L., Neale D.B. A Reference Genome Sequence for Giant Sequoia // G3 (Bethesda). V.10(11). P.3907-3919. doi: https://doi.org/10.1534/g3.120.401612
78. Silva S.R., Moraes A.P., Penha H.A., Julião M.H.M., Domingues S., Michael T.P., Miranda V.F.O., Varani A.M. The Terrestrial Carnivorous Plant Utricularia reniformis Sheds Light on Environmental and Life-Form Genome Plasticity // Int J Mol Sci. 2019. V.21(1). P.3. doi: https://doi.org/10.3390/ijms21010003
79. Soltis P.S., Marchant D.B., Van de Peer Y., Soltis D.E. Polyploidy and genome evolution in plants // Curr Opin Genet Dev. 2015. 35. P.119-125. doi: https://doi.org/10.1016/j.gde.2015.11.003
80. Stein N., Feuillet , Wicker T., Schlagenhauf E., Keller B. Subgenome chromosome walking in wheat: a 450-kb physical contig in Triticum monococcum L. spans the Lr10 resistance locus in hexaploid wheat (Triticum aestivum L.) // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2000. V.97(24). P.13436-13441. doi: https://doi.org/10.1016/S0065-2660(08)60132-7
81. Stevens K.A., Wegrzyn J.L., Zimin A., Puiu D., Crepeau M., Cardeno C., Paul R., Gonzalez-Ibeas D., Koriabine M., Holtz-Morris A.E., Martínez-García P.J., Sezen U.U., Marçais G., Jermstad K., McGuire P.E., Loopstra C.A., Davis J.M., Eckert A., de Jong P., Yorke J.A., Salzberg S.L., Neale D.B., Langley C.H. Sequence of the Sugar Pine Megagenome // Genetics. 2016. 204(4). P.1613-1626.      doi: https://doi.org/10.1534/genetics.116.193227
82. Swift H. The constancy of desoxyribose nucleic acid in plant nuclei // Proc. Acad. Sci. USA. 1950.36. P.643–654. doi: https://doi.org/10.1073/pnas.36.11.643
83. Sun Y., Shang L., Zhu Q.H., Fan L., Guo L. Twenty years of plant genome sequencing: achievements and challenges // Trends Plant Sci. 2022. 27(4). P.391 doi: https://doi.org/10.1016/j.tplants.2021.10.006
84. te Beest M., Le Roux J.J., Richardson D.M., Brysting A.K., Suda J., Kubesová M., Pysek P. The more the better? The role of polyploidy in facilitating plant invasions // Ann Bot. 2012. 109(1). P.19-45. doi: https://doi.org/10.1093/aob/mcr277
85. Tettelin H., Masignani V., Cieslewicz M.J. et al. Genome analysis of multiple pathogenic isolates of Streptococcus agalactiae: implications for the microbial "pan-genome" // Proc Natl Acad Sci USA. 2005. 102(39). P.13950-13955.            doi: https://doi.org/10.1073/pnas.0506758102
86. Thomas C.A, Jr. The genetic organization of chromosomes // Annual Genet. 1971. V. 5. P. 237 doi: https://doi.org/10.1146/annurev.ge.05.120171.001321
87. Tindale M.D., Roy S.K. A cytotaxonomic survey of the Pteridophyta of Australia // Australian Systematic Botany. V.15. P.839-937.
88. Twyford D. The road to 10,000 plant genomes // Nat Plants. 2018. V.4(6). P.312-313. doi: https://doi.org/10.1038/s41477-018-0165-2
89. Veleba A, Bureš P, Adamec L, Šmarda P, Lipnerová I, Horová L. Genome size and genomic GC content evolution in the miniature genome-sized family Lentibulariaceae // New Phytol. V.203(1). P.22-28. doi: https://doi.org/10.1111/nph.12790
90. Wettstein Fr. von. Ueber plasmatische Vererbung, sowie Plasma- und Genwirkung. Nachrichten von der Gesellschaft der Wissenschaften zu Göttingen,Mathematisch-Physikalische Klasse. 1926. V.1926. P.250-281.
91. Winkler H. Verbreitung und Ursache der Parthenogenesis im Pflanzen- und Tierreiche. Jena: Gustav Fischer Verlag. 250 s.
92. Xu S., He Z., Zhang Z., Guo , Guo W., Lyu H., Li J., Yang M., Du Z., Huang Y., Zhou R., Zhong C., Boufford D.E., Lerdau M., Wu C.I., Duke N.C.; International Mangrove Consortium, Shi S. The origin, diversification and adaptation of a major mangrove clade (Rhizophoreae) revealed by whole-genome sequencing // Natl. Sci.  Rev.  2017.  V.4(5).  P.721-734.  doi:https://doi.org/10.1093/nsr/nwx065
93. Yu J., Hu S., Wang J. et al. A draft sequence of the rice genome (Oryza sativa ssp. indica) // Science. 2002. V.296(5565). P.79-92. doi:https://doi.org/10.1126/science.1068037
94. Zhang , Fu J., Wang K., Han X., Yan T., Su Y., Li Y., Lin Z., Qin P., Fu C., Deng X.W., Zhou D.,Yang Y., He H. The telomere-to-telomere gap-free genome of four rice parents reveals SV and PAV patterns in hybrid rice breeding // Plant Biotechnol J. 2022. doi: https://doi.org/10.1111/pbi.13880
95. Zimin A.V., Puiu D., Hall R., Kingan S., Clavijo B., Salzberg S. The first near-complete assembly of the hexaploid bread wheat genome, Triticum aestivum // GigaScience.    V.6(11).   P.1–7.   DOI:https://doi.org/10.1093/gigascience/gix097
96. Zimin A.V., Stevens K.A., Crepeau M.W., Puiu D., Wegrzyn J.L., Yorke J.A., Langley C.H., Neale D.B., Salzberg S.L. An improved assembly of the loblolly pine mega-genome using long-read single-molecule sequencing // Gigascience. V.6(1). P.1-4. doi: https://doi.org/10.1093/gigascience/giw016
97. Zonneveld B.J.M. New Record Holders for Maximum Genome Size in Eudicots and Monocots // Journal of Botany. 2010. V.2010. ID 527357. doi: https://doi.org/10.1155/2010/527357