Biomics

Для выявления полиморфизма ДНК у собак и их диких сородичей применен довольно простой способ в виде виртуальной амплификации неких случайных участков генома с помощью мультиплексного RAPD-анализа с праймерами с произвольными нуклеотидными последовательностями, не требующий предварительного знания последовательностей азотистых оснований детектируемых фрагментов ДНК. При этом информация о полных геномах исследуемых видов прогнозировать ожидаемые результаты, что дает возможность до проведения «мокрых» экспериментов произвести отбраковку неподходящих праймеров. Проведенный in silico мультиплексный RAPD-анализ с 12 декамерными праймерами, последовательности которых исключают образование в ПЦР гомо- и гетеродимеров показал как геномное сходство, так и отличия между разными видами псовых. Если удалять из конечных результатов такой виртуальной амплификации общие для всех исследуемых образцов собак ампликоны, оставляя только значимые, выступающие фактически индивидуализирующими, то потенциально можно ДНК-паспортизировать каждую особь с вероятностью случайного совпадения их геномных штрихкодов в среднем одно событие на квадриллион.

собака, собачий, Canis familiaris, ДНК, геном, полиморфизм, ПЦР, праймеры, геномное штрих-кодирование

1. Гарафутдинов Р.Р., Баймиев Ан.Х., Малеев Г.В., Алексеев Я.И., Зубов В.В., Чемерис Д.А., Кирьянова О.Ю., Губайдуллин И.М., Матниязов Р.Т., Сахабутдинова А.Р., Никоноров Ю.М., Кулуев Б.Р., Баймиев Ал.Х., Чемерис А.В. Разнообразие праймеров для ПЦР и принципы их подбора. Биомика. 2019. Т.11(1). С. 23–70. DOI: https://doi.org/31301/2221- 6197.bmcs.2019-04
2. Гарафутдинов Р.Р.,  Чемерис  Д.А., Сахабутдинова А.Р., Алексеев Я.И., Геращенков Г.А., Гиниятов Ю.Р., Аминев Ф.Г., Чемерис А.В. Полиморфизм ДНК собак (Canis familiaris ). III. VNTR-  и  STR-локусы.  Их  применение  в собаководстве и криминалистике // Biomics. 2021. Т.13(3). С.321-346. DOI: https://doi.org/10.31301/2221- 6197.bmcs.2021-23
3. Гиниятов Ю.Р., Чемерис Д.А., Яхин О.И., Гарафутдинов Р.Р., Чемерис А.В. Прасобаки, собаки и их будущее // Biomics. 2021. Т.13(3). С. 288-297. DOI: https://doi.org/31301/2221-6197.bmcs.2021-20
4. Кирьянова О.Ю., Гарафутдинов Р.Р., Чемерис Д.А., Гиниятов Ю.Р., Губайдуллин И.М., Чемерис А.В. Полиморфизм ДНК собак (Canis familiaris ). II. RAPD-анализ // Biomics. 2021. Т.13(3). С.309-320. DOI: https://doi.org/10.31301/2221-6197.bmcs.2021-22
5. Кирьянова О.Ю., Кирьянов И.И., Кулуев Б.Р., Чемерис А.В., Гарафутдинов Р.Р., Губайдуллин И.М. Свидетельство о государственной регистрации программы для ЭВМ № 2020610703 ABCDNA_GS (Amplified Bar-Coded DNA Genome/Specimen). 2020a.
6. Кирьянова О.Ю., Кулуев Б.Р., Кулуев А.Р., Губайдуллин И.М., Чемерис А.В. Мультиплексный in silico RAPD-анализ ряда родственных растений с отличающимися размерами геномов и перспективы такого подхода для ДНК-паспортизации сортов сельскохозяйственных растений // Биомика. 2020. Т.12. №2. С. 194-210. DOI: https://doi.org/31301/2221- 6197.bmcs.2020-10
7. Кулуев Б.Р., Баймиев Ан.Х., Геращенков Г.А., Чемерис Д.А., Зубов В.В., Кулуев А.Р., Баймиев Ал.Х., Чемерис А.В. Методы ПЦР для выявления мультилокусного полиморфизма ДНК у эукариот, основанные на случайном праймировании // Генетика. 2018. Т.54. С.495-511. DOI: https://doi.org/7868/S0016675818050016
8. Кулуев Б.Р., Баймиев Ан.Х., Геращенков Г.А., Юнусбаев У.Б., Гарафутдинов Р.Р., Алексеев Я.И., Баймиев Ал.Х., Чемерис А.В. Сто лет гаплоидным геномам. Сейчас наступает время диплоидных // Биомика. 2020. Т.12(4). С. 411-434. DOI: https://doi.org/31301/2221-6197.bmcs.2020-33
9. Сахабутдинова А.Р., Михайленко К.И., Гарафутдинов Р.Р., Кирьянова О.Ю., Сагитова М.А., Сагитов А.М., Чемерис А.В. Небиологическое применение молекул ДНК // Биомика. 2019. Т.11(3). С. 344-377. DOI: https://doi.org/31301/2221-6197.bmcs.2019-28
10. Сахабутдинова А.Р., Чемерис Д.А., Гарафутдинов Р.Р., Алексеев Я.И., Гиниятов Ю.Р., Аминев Ф.Г., Чемерис А.В. Полиморфизм ДНК собак (Canis familiaris) и его применение. IV. Митохондриальная ДНК // Biomics. 2021. Т.13(3). С.347-359. DOI: https://doi.org/31301/2221-6197.bmcs.2021-24
11. Чемерис А.В., Аминев Ф.Г., Гарафутдинов Р.Р., Анисимов В.А., Сагитов А.М., Хуснутдинова Э.К., Сахабутдинова А.Р., Чемерис Д.А., Михайленко К.И. ДНК-криминалистика. М.: Наука. 2022. 466 С.
12. Garafutdinov R.,  Chemeris  D.A., Sakhabutdinova A.R., Kiryanova O.Yu., Mikhaylenko K.I., Chemeris A.V. Encoding of non-biological information for its long-term storage in DNA // Biosystems.  2022.  104664.  P.  215-216.  DOI:https://doi.org/10.1016/j.biosystems.2022.104664
13. Hebert D., Cywinska A., Ball S.L., deWaard J.R. Biological identifications through DNA barcodes // Proc. Biol. Sci. 2003. V.270(1512). P.313-221. doi: https://doi.org/10.1098/rspb.2002.2218