Полиморфизм ДНК собак (Canis familiaris L.). II. RAPD-анализ

Рассмотрен достаточно простой способ выявления полиморфизма ДНК у собак в виде амплификации неких случайных участков генома с помощью RAPD-анализа с праймерами с произвольными нуклеотидными последовательностями, не требующий предварительного знания последовательностей азотистых оснований детектируемых фрагментов ДНК. Однако информация о полных геномах исследуемых видов организмов и в данном случае собак позволяет провести предварительный in silico RAPD-анализ с целью прогнозировать ожидаемые результаты по каждому праймеру и их мультиплексной композиции, что дает возможность на этом этапе до проведения «мокрых» экспериментов произвести отбраковку неподходящих праймеров. В случае известных геномов ряда близких организмов, что как раз имеет место для собак, то проведенный in silico мультиплексный RAPD-анализ с шестью декамерными праймерами, последовательности которых исключают образование в ПЦР гомо- и гетеродимеров показал как геномное сходство, так и отличия между разными породами, а также с их диким сородичем – серым волком. Мультиплексный in silico RAPD-анализ представляет собой виртуальную ПЦР и если удалять из такой амплификации общие для всех исследуемых организмов ампликоны, оставляя только значимые, то этот инструмент в виде созданной нами программы ABCDNA_GS может использоваться для установления филогенетического родства особенно тех организмов, чьи геномы высоко коллинеарны, что как раз свойственно геномам разных пород собак.