Бетакоронавирус SARS-CoV-2, его геном, разнообразие генотипов и молекулярно-биологические меры борьбы с ним
24.08.2020
Авторы:
Название:
Бетакоронавирус SARS-CoV-2, его геном, разнообразие генотипов и молекулярно-биологические меры борьбы с ним
Страницы:
242-271
Данный обзор посвящен бетакоронавирусу SARS-CoV-2, вызвавшему весной 2020 г. пандемию в виде опасной высококонтагиозной коронавирусной инфекции COVID-19. Отмечен взрывной рост в 2020 г. по всему миру числа публикаций, связанных с коронавирусом, включая вопросы молекулярно-биологической детекции вирусной ДНК и создания вакцин. Кратко приведена таксономия бетакоронавирусов и организация их генома, представленного (+)‑цепью РНК, включая более подробную информацию о поверхностном гликопротеине в виде S (Spike) белка. Описан гипотетический жизненный цикл бетакоронавируса. Показано, что наряду с высокой консервативностью геномных последовательностей различных штаммов и изолятов SARS-CoV-2, имеются мутации отдельных нуклеотидов, приводящие к заменам аминокислот в белковой последовательности, среди которых миссенс-мутация D614G предположительно оказывает заметное влияние на контагиозность вируса и тяжесть течения вызываемого им заболевания. Высказана мысль о необходимости детекции D/G614 изолятов, в том числе с использованием аллель-специфичной обратно-транскрипционной ПЦР, поскольку это может оказаться клинически значимой информацией. Рассмотрены способы выявления вирусного материала с помощью обратно-транскрипционной ПЦР и прочих методов амплификации нуклеиновых кислот, а также указаны разрешенные к применению в Российской Федерации диагностические тест-системы на SARS-CoV-2. Приведена краткая информация по типам вакцин, разрабатываемых для борьбы с COVID-19 по всему миру, включая Российскую Федерацию. По состоянию на конец мая 2020 г. Всемирной организацией здравоохранения зарегистрирована 131 кандидатная вакцина, из которых с 10 проводятся клинические испытания. Определенный акцент при описании создания вакцин сделан на использовании растительных технологий.
- Вершинина З.Р., Кулуев Б.Р., Максимов И.В., Михайлова Е.В., Гумерова Г.Р., Малеев Г.В., Князев а.В., Баймиев ан.Х., Баймиев ал.Х., Чемерис а.В. ГМО запретить невозможно разрешить! // Биомика. 2020. Т.12(1). С. 80-120. DOI:10.31301/2221-6197.bmcs.2020-6/ 2. Гарафутдинов Р.Р., Мавзютов а.Р., Алексеев Я.И., Воробьев А.А., Никоноров Ю.М., Чубукова О.В., Матниязов Р.Т., Баймиев ан.Х., Максимов И.В., Кулуев Б.Р., Баймиев ал.Х., Чемерис а.В. Бетакоронавирусы человека и их высокочувствительная детекция с помощью ПЦР и прочих методов амплификации // Биомика. 2020. Т.12(1). С. 121-179. DOI: 10.31301/2221-6197.bmcs.2020-7 3. Зайчук Т., Нечипуренко Ю., Аджубей А., Оникиенко С., Черешнев В., Зайнутдинов С., Кочнева Г., Нетесов С., Матвеева О. Обзор технологий для создания вакцин против бета-коронавирусов и вирус Сендай как возможный вакцинный вектор // Мол. Биол. препринт. 4. Кулуев Б.Р., Баймиев Ан.Х., Чемерис Д.А., Матниязов Р.Т., Геращенков Г.А., Никоноров Ю.М., Баймиев Ал.Х., Чемерис А.В. Применение CRISPR-локусов не для редактирования геномов // Биомика. 2017. Т.9. С.271-283. 5. Кулуев Б.Р., Вершинина З.Р., Князев А.В., Чемерис Д.А., Баймиев Ан.Х., Чумаков М.И., Баймиев Ал.Х., Чемерис А.В. «Косматые» корни растений – важный инструментарий для исследователей и мощная фитохимбиофабрика для производственников // Биомика. 2015. Т. 7. №2. С. 70-120. 6. Чемерис А.В. CRISPR/Cas системы (специальный тематический выпуск журнала) // Биомика. 2017. Т.9(3). С. 148-154. 7. Чемерис А.В., Бикбулатова С.М., Чемерис Д.А., Баймиев Ал.Х., Князев А.В., Кулуев Б.Р., Максимов И.В. Надо ли опасаться ГМО? Взгляд несторонних наблюдателей на истерию вокруг // Биомика. 2014. Т.6. С.77-138. 8. Чемерис А.В., Чемерис Д.А., Баймиев Ал.Х., Князев А.В., Кулуев Б.Р., Максимов И.В. Борьба с ГМО как неолысенковщина // Биомика. 2015. Т.7. C. 1-39. 9. Чубукова О.В., Хасанова С.С., Никоноров Ю.М., Кулагин В.Ф., Чемерис А.В., Вахитов В.А. Иммуногенность N-белка хантавируса Пуумала для беспородных мышей при внутримышечном введении его гена // Вопросы вирусологии. 2008. Т. 53 (4). С. 38-41. 10. Abbott T.R., Dhamdhere G., Liu Y., Lin X., Goudy L., Zeng L., Chemparathy A., Chmura S., Heaton N.S., Debs R., Pande T., Endy D., La Russa M.F., Lewis D.B., Qi L.S. Development of CRISPR as an Antiviral Strategy to Combat SARS-CoV-2 and Influenza. // Cell. 2020. V. 181(4). P. 865-876. e12. doi:10.1016/j.cell.2020.04.020. 11. Ahmed S.F., Quadeer A.A., McKay M.R. COVIDep platform for real-time reporting of vaccine target recommendations for SARS-CoV-2: Description and connections with COVID-19 immune responses and preclinical vaccine trials // bioRxiv. 2020. doi:10.1101/2020.05.23.111385/. 12. Baek Y.H., Um J., Antigua K.J.C., Park J.H., Kim Y., Oh S., Kim Y.I., Choi W.S., Kim S.G., Jeong J.H., Chin B.S., Nicolas H.D.G., Ahn J.Y., Shin K.S., Choi Y.K., Park J.S., Song M.S. Development of a reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification as a rapid early-detection method for novel SARS-CoV-2 // Emerg. Microbes Infect. 2020. 2020. doi:10.1080/22221751.2020.1756698. 13. Becerra-Flores M., Cardozo T. SARS-CoV-2 viral spike G614 mutation exhibits higher case fatality rate. // Int. J. Clin. Pract. 2020. e13525. doi:10.1111/ijcp.13525/ 14. Broughton J.P., Deng X., Yu G., Fasching C.L., Servellita V., Singh J., Miao X., Streithorst J.A., Granados A., Sotomayor-Gonzalez A., Zorn K., Gopez A., Hsu E., Gu W., Miller S., Pan C.-Y., Guevara H., Wadford D.A., Chen J.C., Chiu C.Y. CRISPR–Cas12-based detection of SARS-CoV-2 // Nature Biotechnol. 2020. V. 38(7). P. 870-874.doi:10.1038/s41587-020-0513-4. 15. Brufsky A. Distinct Viral Clades of SARS-CoV-2: Implications for Modeling of Viral Spread. // J. Med. Virol. 2020. doi:10.1002/jmv.25902. 16. Calina D., Docea A.O., Petrakis D., Egorov A.M., Ishmukhametov A.A., Gabibov A.G., Shtilman M.I., Kostoff R., Carvalho F., Vinceti M., Spandidos D.A., Tsatsakis A. Towards Effective COVID‑19 Vaccines: Updates, Perspectives and Challenges (Review) // Int. J. Mol. Med. 2020. V. 46(1). P. 3-16. doi:10.3892/ijmm.2020.4596. 17. Callaway E. The race for coronavirus vaccines: a graphical guide // Nature. 2020. V. 580(7805). P. 576-577. doi:10.1038/d41586-020-01221-y. 18. Capell T., Twyman R.M., Armario-Najera V., Ma J.K-C., Schillberg S., Christou P. Potential Applications of Plant Biotechnology Against SARS-CoV-2 // Trends Plant Sci. 2020. V. 25(7). P. 635-643. doi:10.1016/j.tplants.2020.04.009/ 19. Chan JF-W., Yuan S., Zhang A.J., Poon VK-M., Chan CC-S., Lee AC-Y., Fan Z., Li C., Liang R., Cao J., Tang K., Luo C., Cheng VC-C., Cai J-P., Chu H., Chan K-H., To KK-W., Sridhar S., Yuen K-Y. Surgical Mask Partition Reduces the Risk of Non-Contact Transmission in a Golden Syrian Hamster Model for Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) // Clin. Infect. Dis. 2020. ciaa644. doi:10.1093/cid/ciaa644. 20. Chang T.J., Yang D.M., Wang M.L., Liang K.H., Tsai P.H., Chiou S.H., Lin T.H., Wang C.T. Genomic Analysis and Comparative Multiple Sequence of SARS-CoV2. // J. Chin. Med. Assoc. 2020. V. 83(6). P. 537-543. doi:10.1097/JCMA.0000000000000335. 21. Chen L., Liu W., Zhang Q., Xu K., Ye G., Wu W., Sun Z., Liu F., Wu K., Zhong B., Mei Y., Zhang W., Chen Y., Li Y., Shi M., Lan K., Liu Y. RNA based mNGS approach identifies a novel human coronavirus from two individual pneumonia cases in 2019 Wuhan outbreak // Emerg. Microb. Infections. 2020. V. 9(1). P. 313-319. doi:10.1080/22221751.2020.1725399. 22. Corman V.M., Landt O., Kaiser M., Molenkamp R., Meijer A., Chu D.K.W., Bleicker T., Brünink S., Schneider J., Schmidt M.L., Mulders D.G.J.C., Haagmans B.L., van der Veer B., van den Brink S., Wijsman L., Goderski G., Romette J.L., Ellis J., Zambon M., Peiris M., Goossens H., Reusken C., Koopmans M.P.G., Drosten C. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR // Euro Surveillance. 2020. V. 25 (3). P. 2000045. doi:10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045. 23. Coutard B., Valle C., de Lamballerie X., Canard B., Seidah N.G., Decroly E. The spike glycoprotein of the new coronavirus 2019-nCoV contains a furin-like cleavage site absent in CoV of the same clade // Antiviral Res. 2020. V. 176. P. 104742. doi:10.1016/j.antiviral.2020.104742. 24. Curi L., Federico P.-B., Gimenez C.A. An ultrasensitive, rapid, and portable coronavirus SARS-CoV-2 sequence detection method based on CRISPR-Cas12 // bioRxiv. doi:10.1101/2020.02.29.971127. 25. Demurtas O.C., Massa S., Illiano E., De Martinis D., Chan P.K., Di Bonito P., Franconi R. Antigen Production in Plant to Tackle Infectious Diseases Flare Up: The Case of SARS // Front. Plant Sci. 2016. V. 7. P. 54. doi:10.3389/fpls.2016.00054. 26. Deslandes A., Berti V., Tandjaoui-Lambotte Y., Alloui C., Carbonnelle E., Zahar J.R., Brichler S., Cohen Y. SARS-CoV-2 was already spreading in France in late December 2019 // Int. J. Antimicrob. Agents. 2020. V. 55(6). P. 106006. doi:10.1016/j.ijantimicag.2020.106006. 27. Ding X., Yin K., Li Z., Liu C. All-in-One Dual CRISPR-Cas12a (AIOD-CRISPR) Assay: A Case for Rapid, Ultrasensitive and Visual Detection of Novel Coronavirus SARS-CoV-2 and HIV virus // bioRxiv. 2020. doi:10.1101/2020.03.19.998724. 28. Eaaswarkhanth M., Madhoun A.A., Al-Mulla F. Could the D614G substitution in the SARS-CoV-2 spike (S) protein be associated with higher COVID-19 mortality? // Int. J. Infect. Dis. 2020. V. 96. P. 459–460. doi:10.1016/j.ijid.2020.05.071. 29. El-Tholoth M., Bau H.H., Song J. A Single and Two-Stage, Closed-Tube, Molecular Test for the 2019 Novel Coronavirus (COVID-19) at Home, Clinic, and Points of Entry // ChemRxiv. 2020. doi:10.26434/chemrxiv.11860137.v/ 30. Esposito S., Principi N., Leung CC, Migliori GB. Universal use of face masks for success against COVID-19: evidence and implications for prevention policies // Eur Respir J. 2020. V. 55(6). P. 2001260. doi:10.1183/13993003.01260-2020 31. Forster P., Forster L., Renfrew C., Forster M. Phylogenetic network analysis of SARS-CoV-2 genomes // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2020. V. 117(17). P. 9241-9243. doi:10.1073/pnas.2004999117. 32. Gao Y., Yan L., Huang Y., Liu F., Zhao Y., Cao L., Wang T., Sun Q., Ming Z., Zhang L., Ge J., Zheng L., Zhang Y., Wang H., Zhu Y., Zhu C., Hu T., Hua T., Zhang B., Yang X., Li J., Yang H., Liu Z., Xu W., Guddat L.W., Wang Q., Lou Z., Rao Z. Structure of the RNA-dependent RNA polymerase from COVID-19 virus // Science. 2020. V. 368(6492). P. 779-782.. doi:10.1126/science.abb7498. 33. Giddings G., Allison G., Brooks D., Carter A. Transgenic plants as factories for biopharmaceuticals // Nat Biotechnol. 2000. V. 18(11). P. 1151-1155. doi:10.1038/81132. 34. Giritch A., Marillonnet S., Engler C., van Eldik G., Botterman J., Klimyuk V., Gleba Y. Rapid high-yield expression of full-size IgG antibodies in plants coinfected with noncompeting viral vectors // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2006. V. 103(40). P. 14701-6. doi:10.1073/pnas.0606631103. 35. Gunasekaran B., Gothandam K.M. A Review on Edible Vaccines and Their Prospects // Braz. J. Med. Biol. Res. 2020. V. 53(2). e8749. doi:10.1590/1414-431X20198749. 36. Hiatt A., Cafferkey R., Bowdish K. Production of Antibodies in Transgenic Plants // Nature. 1989. V.342(6245). P.76-78. doi:10.1038/342076a0. 37. Hou T., Zeng W., Yang M., Chen W., Ren L., Ai J., Wu J., Liao Y., Gou X., Li Y., et al. 2020. Development and Evaluation of A CRISPR-based Diagnostic For 2019-novel Coronavirus // medRxiv. 2020.02.22.20025460. 38. Ishige T., Murata S., Taniguchi T., Miyabe A., Kitamura K., Kawasaki K., Nishimura M., Igari H., Matsushita K. Highly sensitive detection of SARS-CoV-2 RNA by multiplex rRT-PCR for molecular diagnosis of COVID-19 by clinical laboratories. // Clin. Chim. Acta. 2020. V. 507. P. 139-142. doi:10.1016/j.cca.2020.04.023. 39. Khamsi R. If a coronavirus vaccine arrives, can the world make enough? // Nature. 2020. V. 580(7805). P. 578-580. doi:10.1038/d41586-020-01063-8. 40. Kim J.M., Chung Y.S., Jo H.J., Lee N.J., Kim M.S., Woo S.H., Park S., Kim J.W., Kim H.M., Han M.G. Identification of Coronavirus Isolated from a Patient in Korea with COVID-19 // Osong Public Health and Research Perspectives. 2020. V. 11 (1). P. 3-7. doi:10.24171/j.phrp.2020.11.1.02. 41. Kim S-J., Nguyen V-G., Park Y-H., Park B-K., Chung H-C. A Novel Synonymous Mutation of SARS-CoV-2: Is This Possible to Affect Their Antigenicity and Immunogenicity? // Vaccines (Basel). 2020. V. 8(2). E220. doi:10.3390/vaccines8020220. 42. Kirchdoerfer R.N., Ward A.B. Structure of the SARS-CoV nsp12 polymerase bound to nsp7 and nsp8 co-factors // Nature Commun. 2019. V. 10 (1). P. 2342. doi:10.1038/s41467-019-10280-3. 43. Korber B., Fischer W.M., Gnanakaran S., Yoon H., Theiler J., Abfalterer W., Foley B., Giorgi E.E., Bhattacharya T., Parker M.D., Partridge D.G., Evans C.M., Freeman T.M., de Silva T.I., Sheffield COVID-19 Genomics Group, LaBranche C.C., Montefiori D.C. Spike mutation pipeline reveals the emergence of a more transmissible form of SARS-CoV-2 // bioRxiv. 2020. doi:10.1101/2020.04.29.069054. 44. Koyama T., Weeraratne D., Snowdon J.N., Parida L. Emergence of Drift Variants That May Affect COVID-19 Vaccine Development and Antibody Treatment // Pathogens. 2020. V. 9(5). E324. doi:10.3390/pathogens9050324. 45. Kurup VM, Thomas J. Edible Vaccines: Promises and Challenges // Mol. Biotechnol. 2020. V. 62(2). P. 79-90. doi:10.1007/s12033-019-00222-1. 46. Lam T.T., Shum M.H., Zhu H.C., Tong Y.G., Ni X.B., Liao Y.S., Wei W., Cheung W.Y., Li W.J., Li L.F., Leung G.M., Holmes E.C., Hu Y.L., Guan Y. Identifying SARS-CoV-2 related coronaviruses in Malayan pangolins // Nature. 2020. V. 583(7815). P. 282-285doi:10.1038/s41586-020-2169-0/ 47. Lamb L.E., Bartolone S.N., Ward E., Chancellor M.B. Rapid Detection of Novel Coronavirus (COVID-19) by Reverse Transcription-Loop-Mediated Isothermal Amplification // medRxiv. 2020. doi:10.1101/2020.02.19.20025155. 48. Lei C., Qian K., Li T., Zhang S., Fu W., Ding M., Hu S. Neutralization of SARS-CoV-2 spike pseudotyped virus by recombinant ACE2-Ig // Nat. Commun. 2020. V. 11(1). P. 2070. doi:10.1038/s41467-020-16048-4. 49. Leung N.H.L, Chu D.K.W., Shiu E.Y.C., Chan K.H., McDevitt J.J., Hau B.J.P., Yen H.L., Li Y., Ip D.K.M., Peiris J.S.M., Seto W.H., Leung G.M., Milton D.K., Cowling B.J. Respiratory virus shedding in exhaled breath and efficacy of face masks // Nat. Med. 2020. V. 26(5). P. 676-680. doi:10.1038/s41591-020-0843-2. 50. Li H.Y., Ramalingam S., Chye M.L. Accumulation of recombinant SARS-CoV spike protein in plant cytosol and chloroplasts indicate potential for development of plant-derived oral vaccines // Exp. Biol. Med. (Maywood). 2006. V. 231(8). P. 1346-1352. doi:10.1177/153537020623100808. 51. Li X., Zai J., Zhao Q., Nie Q., Li Y., Foley B.T., Chaillon A. Evolutionary history, potential intermediate animal host, and cross-species analyses of SARS-CoV-2 // J. Med. Virol. 2020. V. 92(6). P. 602-611. doi:10.1002/jmv.25731. 52. Liu X., Feng J., Zhang Q., Guo D., Zhang L., Suo T., Hu W., Guo M., Wang X., Huang Z., Xiong Y., Chen G., Chen Y., Lan K. Analytical comparisons of SARS-COV-2 detection by qRT-PCR and ddPCR with multiple primer/probe sets // Emerg. Microbes Infect. 2020. V. 9(1). P. 1175-1179. doi:10.1080/22221751.2020.1772679. 53. Lu R., Wu X., Wan Z., Li Y., Jin X., Zhang C. A Novel Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification Method for Rapid Detection of SARS-CoV-2 // Int. J. Mol. Sci. 2020. V. 21(8). pii: E2826. doi:10.3390/ijms21082826. 54. Mason H.S., Lam D.M., Arntzen C.J. Expression of Hepatitis B Surface Antigen in Transgenic Plants // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. V. 89(24). P. 11745-11749. doi:10.1073/pnas.89.24.11745. 55. Massa S., Paolini F., Marino C., Franconi R., Venuti A. Bioproduction of a Therapeutic Vaccine Against Human Papillomavirus in Tomato Hairy Root Cultures // Front. Plant Sci. 2019. V. 10. P. 452. doi:10.3389/fpls.2019.00452. 56. Mercatelli D., Giorgi, F.M. Geographic and Genomic Distribution of SARS-CoV-2 Mutations // Preprints 2020, 2020040529 doi:10.20944/preprints202004.0529.v1. 57. Metsky H.C., Freije C.A., Kosoko-Thoroddsen T-SF., Sabeti P.C., Myhrvold C. 2020. CRISPR-based surveillance for COVID-19 using genomically-comprehensive machine learning design // bioRxiv. 2020. doi:10.1101/2020.02.26.967026. 58. Miller A., Reandelar M.J., Fasciglione K., Roumenova V., Li Y., Otazu G.H. Correlation between universal BCG vaccination policy and reduced morbidity and mortality for COVID-19: an epidemiological study // medRxiv. 2020. doi:10.1101/2020.03.24.20042937. 59. Minskaia E., Hertzig T. Gorbalenya A.E., Campanacci V., Cambillau C., Canard B., Ziebuhr J. Discovery of an RNA virus 3'->5' exoribonuclease that is critically involved in coronavirus RNA synthesis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2006. V. 103 (13). P. 5108-5113. doi:10.1073/pnas.0508200103. 60. Moein S.T., Hashemian S.M.R., Mansourafshar B., Khorram-Tousi A., Tabarsi P., Doty R.L.. Smell Dysfunction: A Biomarker for COVID-19 // Int. Forum Allergy Rhinol. 2020. 10.1002/alr.22587. doi:10.1002/alr.22587. 61. Moorlag S.J.C.F.M., Arts R.J.W., van Crevel R., Netea M.G. Non-specific effects of BCG vaccine on viral infections // Clin. Microbiol. Infect. 2019. V. 25(12). P.1473-1478. doi:10.1016/j.cmi.2019.04.02. 62. Moriya C., Horiba S., Kurihara K., Kamada T., Takahara Y., Inoue M., Iida A., Hara H., Shu T., Hasegawa M., Matano T. Intranasal Sendai Viral Vector Vaccination Is More Immunogenic Than Intramuscular Under Pre-Existing Anti-Vector Antibodies // Vaccine. 2011. V. 29(47). P. 8557-8663. doi:10.1016/j.vaccine.2011.09.028. 63. Nguyen T., Duong Bang D., Wolff A. 2019 Novel Coronavirus Disease (COVID-19): Paving the Road for Rapid Detection and Point-of-Care Diagnostics // Micromachines (Basel). 2020. V. 11(3). pii: E306. doi:10.3390/mi11030306. 64. Nikitin N., Petrova E., Trifonova E., Karpova O. Influenza virus aerosols in the air and their infectiousness // Adv. Virol. 2014. 859090. doi:10.1155/2014/859090. 65. Ogando N.S., Ferron F., Decroly E., Canard B., Posthuma C.C., Snijder E.J. The Curious Case of the Nidovirus Exoribonuclease: Its Role in RNA Synthesis and Replication Fidelity // Front. Microbiol. 2019. V.10. 1813. doi:10.3389/fmicb.2019.01813. 66. O'Neill L.A.J., Netea M.G. BCG-induced Trained Immunity: Can It Offer Protection Against COVID-19? // Nat. Rev. Immunol. 2020. V. 20(6). P.335-337. doi:10.1038/s41577-020-0337-y. 67. Onishchenko G.G., Govorun V.M., Sergienko V.I., Akopian T.A., Momynaliev K.T., Vereshchagin V.A., Lazarev V.N., Vasilev N.T., Markov V.I., Merkulov V.A., Maksimov V.A., Melnikov V.A., Lopukhin Y.M. Structural organization of the genome of SARS-associated coronavirus (Strain SoD) isolated on the territory of the Russian Federation // Bull. Exp. Biol. Med. 2004. V. 137 (2). P. 197-199. doi:10.1023/b:bebm.0000028139.02582.97. 68. Pachetti M., Marini B., Benedetti F., Giudici F., Mauro E., Storici P., Masciovecchio C., Angeletti S., Ciccozzi M., Gallo R.C., Zella D., Ippodrino R. Emerging SARS-CoV-2 mutation hot spots include a novel RNA-dependent-RNA polymerase variant. // J. Transl. Med. 2020. V. 18(1). P. 179. doi:10.1186/s12967-020-02344-6. 69. Padron-Regalado E. Vaccines for SARS-CoV-2: Lessons From Other Coronavirus Strains // Infect. Dis. Ther. 2020. V. 9(2). P. 1-20. doi:10.1007/s40121-020-00300-x. 70. Park G.S., Ku K., Baek S.H., Kim S.J., Kim S.I., Kim B.T., Maeng J.S. Development of Reverse Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification Assays Targeting Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 // J. Mol. Diagn. 2020. pii: S1525-1578(20)30090-8. doi:10.1016/j.jmoldx.2020.03.006. 71. Peng H., Yang L.T., Wang L.Y., Li J., Huang J., Lu Z.Q., Koup R.A., Bailer R.T., Wu C.Y. Long-lived memory T lymphocyte responses against SARS coronavirus nucleocapsid protein in SARS-recovered patients // Virology. 2006. V. 351(2). P. 466-475. doi:10.1016/j.virol.2006.03.036. 72. Penney C.A., Thomas D.R., Deen S.S., Walmsley A.M. Plant-made vaccines in support of the Millennium Development Goals // Plant Cell Rep. 2011. V. 30(5). P. 789-798. doi:10.1007/s00299-010-0995-5. 73. Pinto D., Park Y-J., Beltramello M., Walls A.C., Tortorici M.A., Bianchi S., Jaconi S., Culap K., Zatta F., De Marco A., Peter A., Guarino B., Spreafico R., Cameroni E., Case J.B., Chen R.E., Havenar-Daughton C., Snell G., Telenti A., Virgin H.W., Lanzavecchia A., Diamond M.S., Fink K., Veesler D., Corti D. Cross-neutralization of SARS-CoV-2 by a Human Monoclonal SARS-CoV Antibody // Nature. 2020. V. 583(7815). P. 290-295.. doi:10.1038/s41586-020-2349-y. Online ahead of print. 74. Pogrebnyak N., Golovkin M., Andrianov V., Spitsin S., Smirnov Y., Egolf R., Koprowski H. Severe acute respiratory syndrome (SARS) S protein production in plants: development of recombinant vaccine // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2005. V. 102 (25). P. 9062-7. doi:10.1073/pnas.0503760102. 75. Poon L.L., Chan K.H., Wong O.K., Yam W.C., Yuen K.Y., Guan Y., Lo Y.M., Peiris J.S. Early diagnosis of SARS coronavirus infection by real time RT-PCR // J. Clin. Virol. 2003. V. 28 (3). P. 233-238. doi:10.1016/j.jcv.2003.08.004. 76. Rosales-Mendoza S. Will plant-made biopharmaceuticals play a role in the fight against COVID-19? // Expert. Opin. Biol. Ther. 2020. V. 20(6). P. 545-548. doi:10.1080/14712598.2020.1752177. 77. Rosales-Mendoza S., Márquez-Escobar V.A., González-Ortega O., Nieto-Gómez R., Arévalo-Villalobos J.I. What Does Plant-Based Vaccine Technology Offer to the Fight against COVID-19? // Vaccines (Basel). 2020. V. 8(2). E183. doi:10.3390/vaccines8020183. 78. Saha P., Majumder R, Chakraborty S, Srivastava AK, Mandal M, Sarkar S. Mutations in Spike Protein of SARS-CoV-2 Modulate Receptor Binding, Membrane Fusion and Immunogenicity: An Insight into Viral Tropism and Pathogenesis of COVID-19 // ChemRxiv. 2020. doi : 10.26434/chemrxiv.12320567.v1. 79. Seong M.W., Kim S.Y., Corman V.M., Kim T.S., Cho S.I., Kim M.J., Lee S.J., Lee J.S., Seo S.H., Ahn J.S., Yu B.S., Park N., Oh M.D., Park W.B., Lee J.Y., Kim G., Joh J.S., Jeong I., Kim E.C., Drosten C., Park S.S. Microevolution of Outbreak-Associated Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus, South Korea, 2015 // Emerg. Infect. Dis. 2016. V. 22(2). P. 327-330. doi:. 103201/eid2202.151700. 80. Shakoor S., Rao AQ, Shahid N, Yaqoob A, Samiullah TR, Shakoor S, Latif A, Tabassum B, Khan MAU, Shahid AA, Husnain T. Role of Oral Vaccines as an Edible Tool to Prevent Infectious Diseases // Acta Virol. 2019. V. 63(3). P. 245-252. doi:10.4149/av_2019_301. 81. Shanmugaraj B., Siriwattananon K., Wangkanont K., Phoolcharoen W. Perspectives on Monoclonal Antibody Therapy as Potential Therapeutic Intervention for Coronavirus disease-19 (COVID-19) // Asian Pac. J. Allergy Immunol. 2020. V. 38(1). P. 10-18. doi:10.12932/AP-200220-0773. 82. Sharma A. It is too soon to attribute ADE to COVID-19 // Microbes Infect. 2020. V. 22(4-5). P. 158. doi:10.1016/j.micinf.2020.03.005. 83. Skarjinskaia M., Ruby K., Araujo A., Taylor K., Gopalasamy-Raju V., Musiychuk K., Chichester JA, Palmer GA, de la Rosa P., Mett V., Ugulava N, Streatfield SJ., Yusibov V. Hairy Roots as a Vaccine Production and Delivery System // Adv. Biochem. Eng. Biotechnol. 2013. V. 134. P. 115-134. doi:10.1007/10_2013_184. 84. Srivatsan S., Han P.D., van Raay K., Wolf C.R., McCulloch D.J., Kim A.E., Brandstetter E., Martin B., Gehring J., Chen W., Seattle Flu Study Investigators, Kosuri S., Konnick E.Q., Lockwood C.M., Rieder M.J., Nickerson D.A., Chu H.Y., Shendure J., Starita L.M. Preliminary support for a “dry swab, extraction free” protocol for SARS-CoV-2 testing via RT-qPCR // bioRxiv. 2020. V. 9(1). P. 1259-1268. doi:10.1101/2020.04.22.056283. 85. Suo T., Liu X., Guo M., Feng J., Hu W., Yang Y., Zhang Q., Wang X., Sajid M., Guo D., et al. ddPCR: a more sensitive and accurate tool for SARS-CoV-2 detection in low viral load specimens // Emerg. Micr. Infect. 2020. V. 9(1). P. 1259-1268. doi:10.1080/22221751.2020.1772678. 86. te Velthuis A.J., Arnold J.J., Cameron C.E., van den Worm S.H., Snijder E.J. The RNA polymerase activity of SARS-coronavirus nsp12 is primer dependent // Nucleic Acids Research. 2010. V. 38 (1). P. 203-214. doi:10.1093/nar/gkp904 87. Tetro J.A. Is COVID-19 receiving ADE from other coronaviruses? // Microbes Infect. 2020. V. 22(2). P. 72-73. doi:10.1016/j.micinf.2020.02.006. 88. van Dorp L., Acman M., Richard D., Shaw L.P., Ford C.E., Ormond L., Owen C.J., Pang J., Tana C.C.S., Boshier F.A.T., Ortiz A.T., Balloux F. Emergence of genomic diversity and recurrent mutations in SARS-CoV-2 // Infect. Genet. Evol. 2020. V.83. P. 104351.doi:10.1016/j.meegid.2020.104351. 89. Visseaux B., Le Hingrat Q., Collin G., Bouzid D., Lebourgeois S., Le Pluart D., Deconinck L., Lescure F.X., Lucet J.C., Bouadma L., Timsit J.F., Descamps D., Yazdanpanah Y., Casalino E., Houhou-Fidouh N.; Emergency Department influenza study group. Evaluation of the QIAstat-Dx Respiratory SARS-CoV-2 Panel, the first rapid multiplex PCR commercial assay for SARS-CoV-2 detection // J. Clin. Microbiol. 2020. V. 58(8). e00630-20. doi:10.1128/JCM.00630-20. 90. Waggoner J.J., Stittleburg V., Pond R., Saklawi Y., Sahoo M.K., Babiker A., et al. Triplex real-time RT-PCR for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 // Emerg. Infect. Dis. 2020. V. 26(7). P. 1633-1635. doi:10.3201/eid2607.201285. 91. Walls A.C., Park Y.J., Tortorici M.A., Wall A., McGuire A.T., Veesler D. Structure, Function, and Antigenicity of the SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein // Cell. 2020. V. 181(2). P. 281-292.e6. doi:10.1016/j.cell.2020.02.058. 92. Wan Y., Shang J., Sun S., Tai W., Chen J., Geng Q., He L., Chen Y., Wu J., Shi Z., Zhou Y., Du L., Li F. Molecular Mechanism for Antibody-Dependent Enhancement of Coronavirus Entry // J. Virol. 2020. V. 94(5). e02015-19. doi:10.1128/JVI.02015-19. 93. Wang C, .Li W., Drabek D., Okba N.M.A., van Haperen R., Osterhaus A.D.M.E., van Kuppeveld F.J.M., Haagmans B.L., Grosveld F., Bosch B.J. A human monoclonal antibody blocking SARS-CoV-2 infection // Nat. Commun. 2020. V. 11(1). P. 2251. doi:10.1038/s41467-020-16256-y. 94. Wang C., Liu Z., Chen Z., Huang X., Xu M., He T., Zhang Z. The establishment of reference sequence for SARS-CoV-2 and variation analysis // J. Med. Virol. 2020. V. 92(6). P. 667-675. doi:10.1002/jmv.25762. 95. Wölfel R., Corman V.M., Guggemos W., Seilmaier M., Zange S., Müller M.A., Niemeyer D., Jones T.C., Vollmar P., Rothe C., Hoelscher M., Bleicker T., Brünink S., Schneider J., Ehmann R., Zwirglmaier K., Drosten C., Wendtner C. Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019 // Nature. 2020. V. 591(7809). P. 465-469. doi:10.1038/s41586-020-2196-x. 96. Wu F., Zhao S., Yu B., Chen Y.M., Wang W., Song Z.G., Hu Y., Tao Z.W., Tian J.H., Pei Y.Y., Yuan M.L., Zhang Y.L., Dai F.H., Liu Y., Wang Q.M., Zheng J.J., Xu L., Holmes E.C., Zhang Y.Z. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China // Nature. 2020. V. 579 (7798). P. 265-269. doi:10.1038/s41586-020-2008-3. 97. Ye Z.W., Yuan S., Yuen K.S., Fung S.Y., Chan C.P., Jin D.Y. Zoonotic origins of human coronaviruses // Int. J. Biol. Sci. 2020. V. 16 (10). P. 1686-1697. doi:10.7150/ijbs.45472. 98. Yin C. Genotyping coronavirus SARS-CoV-2: methods and implications // Genomics. 2020. pii: S0888-7543(20)30318-9. doi:10.1016/j.ygeno.2020.04.016. 99. Yip M.S., Leung H.L., Li P.H., Cheung C.Y., Dutry I., Li D., Daëron M., Bruzzone R., Peiris J.S., Jaume M. Antibody-dependent enhancement of SARS coronavirus infection and its role in the pathogenesis of SARS // Hong Kong Med. J. 2016. V. 22(3) Suppl 4). P. 25-31. 100. Yu F., Yan L., Wang N., Yang S., Wang L., Tang Y., Gao G., Wang S., Ma C., Xie R., Wang F., Tan C., Zhu L., Guo Y., Zhang F. Quantitative Detection and Viral Load Analysis of SARS-CoV-2 in Infected Patients // Clin. Infect. Dis. 2020. pii: ciaa345. doi:10.1093/cid/ciaa345. 101. Zhao Z., Li H., Wu X., Zhong Y., Zhang K., Zhang Y.P., Boerwinkle E., Fu Y.X. Moderate mutation rate in the SARS coronavirus genome and its implications // BMC Evol. Biol. 2004. V. 4. 21. doi:10.1186/1471-2148-4-21/ 102. Zheng N., Xia R., Yang C., Yin B., Li Y., Duan C., Liang L., Guo H., Xie Q. Boosted Expression of the SARS-CoV Nucleocapsid Protein in Tobacco and Its Immunogenicity in Mice // Vaccine. 2009. V. 27(36). P.5001-5007. doi:10.1016/j.vaccine.2009.05.073. 103. Zhong X, Qi G, Yang J, Xing G, Liu J, Yang X. [High-efficiency Expression of a Receptor-Binding Domain of SARS-CoV Spike Protein in Tobacco Chloroplasts] // Sheng Wu Gong Cheng Xue Bao. 2014. V. 30(6). P. 920-930. [Article in Chinese]. 104. Zhou P., Yang X.L., Wang X.G., Hu B., Zhang L., Zhang W., Si H.R., Zhu Y., Li B., Huang C.L., Chen H.D., Chen J., Luo Y., Guo H., Jiang R.D., Liu M.Q., Chen Y., Shen X.R., Wang X., Zheng X.S., Zhao K, Chen Q.J., Deng F., Liu L.L., Yan B., Zhan F.X., Wang Y.Y., Xiao G.F., Shi Z.L. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin // Nature. 2020. V. 579(7798). P. 270-273. doi:10.1038/s41586-020-2012-7. 105. Zhu N., Zhang D., Wang W., Li X., Yang B., Song J., Zhao X., Huang B., Shi W., Lu R., Niu P., Zhan F., Ma X., Wang D., Xu W., Wu G., Gao G.F., Tan W. A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019 // New Engl. J. Med. 2020. V. 382 (8). P. 727-733. doi:10.1056/NEJMoa2001017. 106. Zhu N., Zhang D., Wang W., Li X., Yang B., Song J., Zhao X., Huang B., Shi W., Lu R., Niu P., Zhan F., Ma X., Wang D., Xu W., Wu G., Gao G.F., Tan W. A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019 // New Eng. J. Med. 2020. V. 382 (8). P. 727-733. doi:10.1056/NEJMoa2001017. 107. Zou L., Ruan F., Huang M., Liang L., Huang H., Hong Z., Yu J., Kang M., Song Y., Xia J., Guo Q., Song T., He J., Yen H.L., Peiris M., Wu J. SARS-CoV-2 Viral Load in Upper Respiratory Specimens of Infected Patients // New Engl. J. Med. 2020. V. 382(12). P. 1177-1179. doi:10.1056/NEJMc2001737.